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Untersuchungen zu Populationsveränderungen bei Phytophthora infestans mittels SNP-Analyse

机译：利用SNP分析研究疫霉菌的种群变化

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120 Phytophthora infestans-Isolate aus dem Jahr 2005 konnten mit Hilfe der Einzel-Nukleotid-Polymorphismus (SNP)-Analyse und mit Primern von verschiedenen chromosomalen Genen erfolgreich charakterisiert werden. Während sich die „MAT"-Pri-mer noch zur Charakterisierung von P. infestans-Isolaten der Jahre 2000 bis 2004 in der SNP-Analyse eigneten, wurde dieser Sequenzbereich in Isolaten aus dem Jahr 2005 nicht mehr nachgewiesen. Folglich hatte sich dieser Genombereich des Algenpilzes so stark verändert, dass in diesem Bereich keine SNP-Pri-mer-Kompatibilität mehr gegeben war. Zur besseren Charakterisierung der P. infestans-Isolate aus dem Jahr 2005 wurden deshalb weitere SNP-Primer aus anderen Genombereichen herangezogen. Mit diesen Primern ließen sich erfolgreich Homologiestudien durchführen, so dass Eingruppierungen der P. infestans-Isolate von den verschiedenen beprobten Standorten möglich waren. Eine Beeinflussung der mit der SNP-Analyse untersuchten Genbereiche von P. infestans durch Fungizidbehandlungen konnte nachgewiesen werden. Es zeigte sich, dass Fungizidbehandlungen einen starken Einfluss auf die Ausprägung von genetischen Diversitäten bei P. infestans hatten. Da vermutet wird, dass es sich beim isolierten Myzel von Blattläsionen um P. infestans-Mischpopulationen handelt, könnte es bei der Stress-Situation „Fungizidbehandlung" einen Selektionsprozess bei P. infestans-Isolaten gegeben haben. Deshalb konnten sich verschiedene Subpopulationen des P. infestans-Gemisches besser entwickeln als andere und prägten so das genetische Gesamtbild von speziell angepassten P. infestans-Subpopulationen. Die hohe genetische Variabilität des Algenpilzes P. infestans ist somit für die alljährlich starke Infektiösität des Algenpilzes verantwortlich, was bei günstigen Witterungsverhältnissen immer wieder zu hohen Ertragseinbußen im Kartoffelanbau führt.%120 Phytophthora infestans isolates from the year 2005 could be analysed successfully by using the Single Nucleotide Polymorphism (SNP) analysis with primers from different chromosomal genes. However, the "Mat" primers being useful for characterising P. infestans isolates of the years 2000 to 2004, could no longer be used to detect isolates from the year 2005. Conse- quently, this part of the genome had mutated so that there no longer existed a "Mat"-SNP-primer compatibility. For a better characterisation of P. infestans isolates of the year 2005 different SNP-primers from other genome parts had been used. These primers were better suited to perform homology studies, and a successful differentiation of P. infestans isolates obtained from different sampling sites was possible. When fungicides were applied to control P. infestans an influence was detected when different genome parts were surveyed by SNP. This treatment resulted in an increase of the genetic diversity of P. infestans. It is suggested that isolated mycelia from leaf lesions are composed of a mix of several P. infestans-populations. Therefore, the fungicide application was generating a selection process due to the stress situation. This resulted in the emergence of different sub-populations from the P. infestans-mixture which could better adapt and develop than others.
机译：使用单核苷酸多态性（SNP）分析和来自各种染色体基因的引物，成功鉴定了120株2005年疫霉疫情。尽管“ MAT”引物仍适用于SNP分析中2000年至2004年的致病疫霉菌分离株的表征，但在2005年的分离株中不再检测到该序列区域。由于藻类真菌已经发生了巨大变化，以至于该区域不再具有SNP引物相容性，因此使用了其他基因组区域的其他SNP引物来更好地表征2005年的致病疫霉。成功地进行了同源性研究，因此可以从不同的采样位置对疫霉菌的分离株进行分组感染致病疫霉的遗传多样性的表达，因为有人怀疑如果从叶片病变中分离出的菌丝体是混合的致病疫霉菌种群，那么在“杀真菌剂处理”的压力情况下，可能存在针对致病疫霉菌分离株的选择过程。因此，P。infestans混合物的不同亚群比其他亚群发展得更好，并且塑造了特别适应的P. infestans亚群的整体遗传图景。因此，藻类真菌致病疫霉的高遗传变异性是每年造成藻类真菌强烈传染的原因，这在天气条件有利的情况下会导致马铃薯高产损失。％120可以通过使用Single成功分析2005年以来的疫霉菌使用来自不同染色体基因的引物进行核苷酸多态性（SNP）分析。但是，“ Mat”引物可用于鉴定2000年至2004年的致病疫霉菌分离株，不再用于检测2005年的分离株。一致地，基因组的这一部分已经突变，因此没有不再存在“ Mat” SNP引物的兼容性。为了更好地表征2005年的致病疫霉菌，已使用了与其他基因组部分不同的SNP引物。这些引物更适合进行同源性研究，并且有可能成功地区分不同采样点获得的致病疫霉。当将杀真菌剂用于防治疫霉菌感染时，通过SNP检测不同的基因组部分可检测到影响。这种处理导致了致病疫霉的遗传多样性增加。建议从叶片损伤中分离出的菌丝体是由几种致病疫霉菌种群组成的混合物。因此，由于压力的原因，杀菌剂的应用正在产生选择过程。这导致来自致病疫霉混合物的不同亚群的出现比其他个体更能适应和发展。

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