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首页> 外文期刊>Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America >Rapid Virulence Annotation (rva): Identification Of Virulence Factors Using A Bacterial Genome Library And Multiple Invertebrate Hosts
【24h】

Rapid Virulence Annotation (rva): Identification Of Virulence Factors Using A Bacterial Genome Library And Multiple Invertebrate Hosts

机译：快速毒力注释（rva）：使用细菌基因组文库和多个无脊椎动物宿主鉴定毒力因子

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Current sequence databases now contain numerous whole genome sequences of pathogenic bacteria. However, many of the predicted genes lack any functional annotation. We describe an assumption-free approach, Rapid Virulence Annotation (RVA), for the high-throughput parallel screening of genomic libraries against four different taxa: insects, nematodes, amoeba, and mammalian macrophages. These hosts represent different aspects of both the vertebrate and invertebrate immune system. Here, we apply RVA to the emerging human pathogen Photorhabdus asymbiotica using "gain of toxicity" assays of recombinant Escherichia coli clones. We describe a wealth of potential virulence loci and attribute biological function to several putative genomic islands, which may then be further characterized using conventional molecular techniques. The application of RVA to other pathogen genomes promises to ascribe biological function to otherwise uncharacterized virulence genes.
机译：现在，当前的序列数据库包含许多病原细菌的全基因组序列。但是，许多预测基因缺乏任何功能注释。我们描述了一种无假设的方法，即快速毒力注释（RVA），用于针对四种不同类群的高通量并行筛选基因组文库：昆虫，线虫，变形虫和哺乳动物巨噬细胞。这些宿主代表了脊椎动物和无脊椎动物免疫系统的不同方面。在这里，我们使用重组大肠杆菌克隆的“毒性增益”测定法将RVA应用于新兴的人类病原体非共生性光生菌。我们描述了大量潜在的毒力基因座，并将生物学功能归因于几个假定的基因组岛，然后可以使用常规分子技术对其进行进一步表征。 RVA在其他病原体基因组中的应用有望将生物学功能归因于原本未表征的毒力基因。

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