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首页> 外文期刊>Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America >A GeneTrek analysis of the maize genome
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A GeneTrek analysis of the maize genome

机译：玉米基因组的GeneTrek分析

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Analysis of the sequences of 74 randomly selected BACs demonstrated that the maize nuclear genome contains ≈ 37,000 candidate genes with homologues in other plant species. An additional ≈ 5,500 predicted genes are severely truncated and probably pseudogenes. rnThe distribution of genes is uneven, with ≈ 30% of BACs containing no genes. BAC gene density varies from 0 to 7.9 per 100 kb, whereas most gene islands contain only one gene. The average number of genes per gene island is 1.7. Only 72% of these genes show collinearity with the rice genome. Particular LTR retrotransposon rnfamilies (e.g., Gyma) are enriched on gene-free BACs, most of which do not come from pericentromeres or other large heterochromatic rnregions. Gene-containing BACs are relatively enriched in different families of LTR retrotransposons (e.g., Ji). Two major bursts of LTR retrotransposon activity in the last 2 million years are responsible for the large size of the maize genome, but only the more recent of these is well represented in gene-containing BACs, suggesting that LTR retrotransposons are more efficiently removed in these domains. The results demonstrate that sample sequencing and careful annotation of a few randomly selected BACs can provide a robust description of a complex plant genome.
机译：对74个随机选择的BAC序列的分析表明，玉米核基因组包含≈37,000个候选基因，与其他植物物种具有同源性。另外约5500个预测基因被严重截断，并且可能是假基因。 rn基因的分布不均匀，大约30％的BAC不包含基因。 BAC基因密度每100 kb从0到7.9不等，而大多数基因岛仅包含一个基因。每个基因岛的平均基因数目为1.7。这些基因中只有72％显示与水稻基因组共线性。特定的LTR反转录转座子家族（例如Gyma）富含无基因的BAC，其中大多数都不来自着丝粒或其他较大的异色rn地区。含基因的BAC在LTR逆转座子的不同家族中相对富集（例如Ji）。在过去的200万年中，两次重大的LTR反转录转座子活性导致了玉米基因组的庞大，但只有最近的一次才在含基因的BAC中得到很好的体现，这表明LTR反转录转座子在这些基因中的去除效率更高。域。结果表明，样品测序和一些随机选择的BAC的仔细注解可以提供复杂植物基因组的可靠描述。

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