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首页> 外文期刊>Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America >Subtree power analysis and species selection for comparative genomics
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Subtree power analysis and species selection for comparative genomics

机译：比较基因组学的子树功效分析和物种选择

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Sequence comparison across multiple organisms aids in the detection of regions under selection. However, resource limitations require a prioritization of genomes to be sequenced. This priori-tization should be grounded in two considerations: the lineal scope encompassing the biological phenomena of interest, and the optimal species within that scope for detecting functional elements. We introduce a statistical framework for optimal species subset selection, based on maximizing power to detect conserved sites. Analysis of a phylogenetic star topology shows theoretically that the optimal species subset is not in general the most evolutionarily diverged subset. We then demonstrate this finding empirically in a study of vertebrate species. Our results suggest that marsupials are prime sequencing candidates.
机译：跨多种生物的序列比较有助于检测所选区域。但是，资源限制要求对要测序的基因组进行优先排序。优先排序应基于两个考虑因素：包含感兴趣的生物现象的线性范围，以及该范围内用于检测功能元件的最佳物种。我们基于最大程度地检测保守位点的能力，介绍了用于最佳物种子集选择的统计框架。从系统发育的星形拓扑的分析理论上可以看出，最佳物种子集通常不是进化上最分歧的子集。然后，我们在对脊椎动物物种的研究中以经验证明了这一发现。我们的结果表明，有袋动物是主要的测序候选者。

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