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首页> 外文期刊>Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America >Genome annotation by high-throughput 5′ RNA end determination
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Genome annotation by high-throughput 5′ RNA end determination

机译：通过高通量5'RNA末端测定进行基因组注释

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Complete gene identification and annotation, including alternative transcripts, remains a challenge in understanding genome organization. Such annotation can be achieved by a combination of computational analysis and experimental confirmation. Here, we describe a high-throughput technique, trans-spliced exon coupled RNA end determination (TEC-RED), that identifies 5′ ends of expressed genes in nematodes. TEC-RED can distinguish coding regions from regulatory regions and identify genes as well as their alternative transcripts that have different 5′ ends. Application of TEC-RED to ≈10% of the Caenorhabditis elegans genome yielded tags 75% of which experimentally verified predicted 5′-RNA ends and 25% of which provided previously unknown information about 5′-RNA ends, including the identification of 99 previously unknown genes and 32 previously unknown operons. This technique will be applicable in any organisms that have a trans-splicing reaction from spliced leader RNA. We also describe an efficient sequential method for concatenating short sequence tags for any serial analysis of gene expression-like techniques.
机译：完整的基因鉴定和注释，包括其他转录本，仍然是理解基因组组织的挑战。可以通过将计算分析和实验确认相结合来实现这种注释。在这里，我们描述了一种高通量技术，即经剪接的外显子偶联RNA末端测定（TEC-RED），可鉴定线虫中表达基因的5'末端。 TEC-RED可以将编码区与调节区区分开，并鉴定具有不同5'末端的基因及其替代转录本。将TEC-RED应用于约10％秀丽隐杆线虫基因组产生的标签中，有75％的标签通过实验验证了预测的5'-RNA末端，其中25％的标签提供了以前未知的有关5'-RNA末端的信息，包括之前鉴定的99个未知基因和32个先前未知的操纵子。该技术将适用于任何因剪接的前导RNA发生转拼反应的生物。我们还描述了一种有效的顺序方法，用于连接短序列标签，以进行基因表达样技术的任何系列分析。

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