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首页> 外文期刊>Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America >Digital genotyping and haplotyping with polymerase colonies
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Digital genotyping and haplotyping with polymerase colonies

机译：聚合酶菌落的数字基因分型和单倍型

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Polymerase colony (polony) technology amplifies multiple individual DNA molecules within a thin acrylamide gel attached to a microscope slide. Each DNA molecule included in the reaction produces an immobilized colony of double-stranded DNA. We genotype these polonies by performing single base extensions with dye-labeled nucleotides, and we demonstrate the accurate quantitation Of two allelic variants. We also show that polony technology can determine the phase, or haplotype, of two single-nucleotide polymorphisms (SNPs) by coamplifying distally located targets on a single chromosomal fragment. We correctly determine the genotype and phase of three different pairs of SNPs. In one case, the distance between the two SNPs is 45 kb, the largest distance achieved to date without separating the chromosomes by cloning or somatic cell fusion. The results indicate that polony genotyping and haplotyping may play an important role in understanding the structure of genetic variation.
机译：聚合酶菌落（polony）技术可放大附着在显微镜载玻片上的薄丙烯酰胺凝胶中的多个DNA分子。反应中包含的每个DNA分子都会产生固定的双链DNA菌落。我们通过用染料标记的核苷酸进行单碱基延伸来对这些菌群进行基因分型，并证明了两个等位基因变体的准确定量。我们还显示，polony技术可以通过将单个染色体片段上的远端定位靶标共扩增来确定两个单核苷酸多态性（SNP）的相位或单倍型。我们正确地确定了三对不同的SNP的基因型和相位。在一种情况下，两个SNP之间的距离为45 kb，这是迄今为止通过克隆或体细胞融合未分离染色体而实现的最大距离。结果表明，polony基因分型和单体型可能在了解遗传变异的结构中起重要作用。

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