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相関から眺める生体分子運動の解析

机译：从相关性角度分析生物分子运动

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摘要

生体分子の分子シミュレーションは，大量の時系列データを出力するため，そのデータ量の削減が極めて重要になる.本稿では，分子シミュレーション分野で用いられている線形変換に基づく様々な次元削減手法と，そこに現れる相関の考え方を扱う.実例として機能モード分析，主成分分析，全相関分析，準非調和分析，独立部分空間分析などを紹介する.また，その物理学的な意味についても解説を行う.%In this review, we explain dimensionality reduction techniques applied in the field of biomolecular simulation. Methods based on the linear transformation are reviewed. We also investigate how these methods use correlation for reducing the dimension of biomolecules. Our review includes functional mode analysis, principal component analysis, full correlation analysis, quasi anharmonic analysis, and independent subspace analysis. We also discuss the physical interpretation and implications of the methods.
机译：由于生物分子的分子模拟输出大量的时间序列数据，因此减少数据量极为重要，因此，在分子模拟领域中，基于线性变换的各种降维方法被广泛应用，我们以出现的相关性概念为例，以功能模式分析，主成分分析，总相关性分析，准非谐波分析，独立子空间分析等为例，并解释它们的物理含义。在这篇综述中，我们解释了在生物分子模拟领域中应用的降维技术。对基于线性变换的方法进行了综述。我们还研究了这些方法如何利用相关性来减小生物分子的尺寸。我们的综述包括功能模式分析，主成分分析，全相关分析，拟非谐分析和独立子空间分析，还讨论了方法的物理解释和含义。

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