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First Report of Coleus blumei viroid Infecting Coleus in India

机译：印度的锦紫苏类病毒感染锦紫苏的首次报道

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Members of the genus Coleviroid (Coleus blumei viroid [CbVd]), family Pospiviroidae have been reported to infect Coleus (Solenostemon sp.). CbVd-1 was first reported from Brazil, CbVd-2, -3, and -4 were first reported from Germany, whereas CbVd-5 and -6 were recently identified in China (2). In India, Coleus is extensively cultivated as an ornamental plant in home gardens. In March to June 2012, Coleus leaf samples with irregular chlorotic spots/patches were collected from home gardens of two different districts of Karnataka (Kodagu and Mysore districts), India, suspecting the presence of Coleus blumei viroids (CbVd 1 to 6). Low molecular weight RNAs were extracted using 2% CTAB buffer containing 1.4 M NaCl, 20 mM EDTA, pH 8.0 and 100 mM Tris-Cl, pH 8.0 (1). Viroid-like RNA was enriched by fractionation 2M LiCl soluble nucleic acids (4). A DNA fragment with the expected size of CbVd-1 was detected in 10 (including both districts) of 14 analyzed (incident rate of 71%) from reverse transcription (RT)-PCR assay using Coleviroid specific primers (forward 5′-TGGATCCAGCGCTGCAACGGAATCCA-3′ and reverse 5′-TTGGATCCGCCAGGGAACCCAGGTAAG-3′). RT was performed at 37°C for 60 min in 25 μl reaction mix containing 5 μl RNA extracts, 1 μl reverse primer, 1× first strand buffer, 10 mM dNTPs, and 200U M-MuLV-RT (Invitrogen, USA).
机译：据报道，Colleviroid（Coleus blumei viroid [CbVd]）属的成员正痘病毒科感染了锦紫苏（Solenostemon sp。）。 CbVd-1首先在巴西报道，CbVd-2，-3和-4首先在德国报道，而CbVd-5和-6最近在中国被发现（2）。在印度，锦紫苏作为家庭花园中的观赏植物被广泛种植。 2012年3月至2012年6月，从印度卡纳塔克邦两个不同地区（科达古和迈索尔地区）的家庭花园中采集了具有不规则褪绿斑点/斑纹的锦紫苏叶样本，怀疑存在锦紫苏类病毒（CbVd 1至6）。使用含有1.4 M NaCl，20 mM EDTA，pH 8.0和100 mM Tris-Cl，pH 8.0的2％CTAB缓冲液提取低分子量RNA（1）。通过分馏2M LiCl可溶性核酸来富集类病毒RNA（4）。使用Coleviroid特异引物（正向5'-TGGATCCAGCGCTGCAACGGAATCCA-）通过逆转录（RT）-PCR测定的14个样本（包括两个区）中的10个（包括两个区）检测到具有CbVd-1预期大小的DNA片段（发生率71％） 3'和相反的5'-TTGGATCCGCCAGGGAACCCAGGTAAG-3'）。在含有5μlRNA提取物，1μl反向引物，1x第一链缓冲液，10 mM dNTPs和200U M-MuLV-RT（Invitrogen，USA）的25μl反应混合物中于37°C进行60分钟的RT。

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