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首页> 外文期刊>Journal of Bioinformatics and Computational Biology >EFFICIENTLY FINDING REGULATORY ELEMENTS USING CORRELATION WITH GENE EXPRESSION
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EFFICIENTLY FINDING REGULATORY ELEMENTS USING CORRELATION WITH GENE EXPRESSION

机译：利用与基因表达的相关性有效地找到调控元素

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We present an efficient algorithm for detecting putative regulatory elements in the upstream DNA sequences of genes, using gene expression information obtained from microarray experiments. Based on a generalized suffix tree, our algorithm looks for motif patterns whose appearance in the upstream region is most correlated with the expression levels of the genes. We are able to find the optimal pattern, in time linear in the total length of the upstream sequences. We implement and apply our algorithm to publicly available microarray gene expression data, and show that our method is able to discover biologically significant motifs, including various motifs which have been reported previously using the same data set. We further discuss applications for which the efficiency of the method is essential, as well as possible extensions to our algorithm.
机译：我们提出了一种有效的算法，使用从微阵列实验获得的基因表达信息来检测基因上游DNA序列中的假定调控元件。基于广义后缀树，我们的算法会寻找基序模式，其在上游区域的出现与基因的表达水平最相关。我们能够找到最佳模式，在时间上与上游序列的总长度成线性关系。我们实施并将我们的算法应用于可公开获得的微阵列基因表达数据，并表明我们的方法能够发现生物学上重要的基序，包括先前使用同一数据集报道的各种基序。我们将进一步讨论方法的效率至关重要的应用，以及我们算法的可能扩展。

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