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The full length, positive-strand genome of the Moloney Murine Leukemia Virus contains a "core encapsidation signal" that is essential for efficient genome packaging during virus assembly. We have determined the structure of a 101-nucleotide RNA that contains this signal (called mPsi) using a novel isotope-edited NMR approach. The method is robust and should be generally applicable to larger RNAs. mPsi folds into three stem loops, two of which (SL-C and SL-D) co-stack to form an extended helix. The third stem loop (SL-B) is connected to SL-C by a flexible, four-nucleotide linker. The structure contains five mismatched base-pairs, an unusual C.CG base-triple platform, and a novel "A-minor K-turn," in which unpaired adenosine bases A340 and A341 of a GGAA bulge pack in the minor groove of a proximal stem, and a bulged distal uridine (U319) forms a hydrogen bond with the phosphodiester of A341. Phylogenetic analyses indicate that these essential structural elements are conserved among the murine C-type retroviruses.
机译：莫洛尼鼠白血病病毒的全长正链基因组包含一个“核心衣壳化信号”，这对于病毒组装过程中有效的基因组包装至关重要。我们已经使用新型同位素编辑的NMR方法确定了包含此信号的101个核苷酸RNA的结构（称为mPsi）。该方法是鲁棒的，应普遍适用于较大的RNA。 mPsi折叠成三个茎环，其中两个（SL-C和SL-D）共同堆叠以形成扩展的螺旋。第三茎环（SL-B）通过柔性的四核苷酸接头与SL-C连接。该结构包含五个错配的碱基对，一个不寻常的C.CG碱基三重平台和一个新颖的“ A-minor K-turn”，其中GGAA凸起的未配对腺苷碱基A340和A341包裹在一个小沟中。近端茎和一个凸起的远端尿苷（U319）与A341的磷酸二酯形成氢键。系统发育分析表明，这些必需的结构元件在鼠类C型逆转录病毒中是保守的。

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