作土中に施用された稲わら堆肥（Tanahashi et al.，2004）の微生物群集は堆肥の分解に伴って徐々に変化し，さらに中干しにより影響を受けた．水田生態系の構成部位（田面水，浸透水，作土，作土中に施用された稲わら，作土中に施用された稲わら堆肥，堆肥化過程の稲わら）ごとに行った解析結果を取りまとめ総合的に解析し，微生物群集の部位間の比較と生態系全体としての特徴を明らかにした（Kimura and Asakawa，2006）．さらに，根から板圏へ供給される水稲の光合成産物（Lu et al., 2004）および土壌中に施用された稲わら（Murase et al., 2006a）を利用する微生物群を~(13)Cを用いたPLFA一同位体プロービング（SIP）法により解析し，土壌中の一部のグループの微生物が光合成産物や稲わらに由来する炭素を取り込んでいることを明らかにした。
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