В данной работе описывается новая возможность Программы FoldUnfold для предсказания коротких неупорядоченных областей (петель) при небольшой ширине окна - 3 аминокислотных остатка (а.о.). На примере трех представителей белков G-семейства показано, что эта Программа предсказывает почти все имеющиеся в них петли, причем их положение хорошо согласуется с данными рентгеноструктурного анализа. Предсказываемые петли в структуре белка Ras-p21 мы расклассифицировали на два типа. В первом--петли имеют высокие значения факторов Дебая-Валлера, типичные для так называемых функциональных петель (гибкие петли). Во втором типе петли имеют более низкие значения фактора Дебая-Валлера и могут рассматриваться как петли, соединяющие элементы вторичной структуры (жесткие петли). Сравнение результатов предсказания с помощью программы FoldUnfold с результатами других программ (PONDR, RONN, DisEMBL, PreLINK, lUPred, GlobPlot 2, Fold Index) свидетельствует о том, что первая намного лучше предсказывает положения коротких петель. С ее помощью для убиквитин-по-добного домена решается еще одна трудная для других программ задача: определение границы междуструктурированной и неструктурированной областями в белках с большой долей неупорядоченности. Так, она определяет границу между структурированной и неструктурированной областями в районе 30-31 а.о., тогда как каждая из других программ приводит к границе, колеблющейся от 28 до 70а.о.
展开▼
