...
  • 主题
高级搜索  >
历史搜索 清空历史
首页> 外文期刊>International Journal of Quantum Chemistry >Molecular dynamics simulations of the Hras-GTP complex and the Hras-GDP complex
【24h】

Molecular dynamics simulations of the Hras-GTP complex and the Hras-GDP complex

机译：Hras-GTP复合物和Hras-GDP复合物的分子动力学模拟

获取原文
获取原文并翻译 | 示例
           
页面导航
  • 摘要
  • 著录项
  • 相似文献
  • 相关主题

摘要

We study the structures of the Hras-GTP complex and the Hras-GDP complex in water to investigate the mechanism of GTP hydrolysis of the Hras-GTP complex. We performed molecular dynamics simulations of these complexes to investigate the structures of these complexes using the potential parameters of AMBER ff03 and our potential parameters around Mg2+. Our simulations show that the averaged structure differences between the Hras-GTP complex and Hras-GDP complex are found in the switch I and II regions. In particular, in the switch II region, the α2-helix of Hras-GDP is shorter than the α2-helix of Hras-GTP. The averaged number of water molecules in the first hydration sphere in Hras-GDP complex is larger than that in Hras-GTP complex. The occurrence ratio of the duration time of waters in the first hydration sphere of PA has long tail both in Hras-GTP and in Hras-GDP. In Hras-GDP complex, β-phosphate is hard to be hydrolyzed, while the number of waters in the first hydration sphere is larger than those in Hras-GTP. This suggests that there is a special direction for the hydrolysis.
机译：我们研究了Hras-GTP复合物和Hras-GDP复合物在水中的结构，以研究Gras水解Hras-GTP复合物的机理。我们使用AMBER ff03的势能参数和Mg2 +附近的势能参数对这些配合物进行了分子动力学模拟，以研究这些配合物的结构。我们的模拟结果表明，在I和II切换区域发现了Hras-GTP复合物和Hras-GDP复合物之间的平均结构差异。特别地，在开关II区域中，Hras-GDP的α2-螺旋比Hras-GTP的α2-螺旋短。 Hras-GDP复合物中第一个水化球中水分子的平均数量大于Hras-GTP复合物中的平均水分子数量。无论是Hras-GTP还是Hras-GDP，PA的第一个水合作用区中水持续时间的发生率都有长尾巴。在Hras-GDP复合物中，β-磷酸盐很难水解，而第一个水合层中的水的数量大于Hras-GTP中的水的数量。这表明水解有一个特殊的方向。

著录项

相似文献

  • 外文文献
  • 中文文献
  • 专利
获取原文

客服邮箱：kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备：11010802029741号 ICP备案号：京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有

  • 客服微信

  • 服务号