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首页> 外文期刊>The Journal of Chemical Physics >Obtaining reaction coordinates by likelihood maximization
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Obtaining reaction coordinates by likelihood maximization

机译：通过似然最大化获得反应坐标

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We present a new approach for calculating reaction coordinates in complex systems. The new method is based on transition path sampling and likelihood maximization. It requires fewer trajectories than a single iteration of existing procedures, and it applies to both low and high friction dynamics. The new method screens a set of candidate collective variables for a good reaction coordinate that depends on a few relevant variables. The Bayesian information criterion determines whether additional variables significantly improve the reaction coordinate. Additionally, we present an advantageous transition path sampling algorithm and an algorithm to generate the most likely transition path in the space of collective variables. The method is demonstrated on two systems: a bistable model potential energy surface and nucleation in the Ising model. For the Ising model of nucleation, we quantify for the first time the role of nuclei surface area in the nucleation reaction coordinate. Surprisingly, increased surface area increases the stability of nuclei in two dimensions but decreases nuclei stability in three dimensions. (c) 2006 American Institute of Physics.
机译：我们提出了一种计算复杂系统中反应坐标的新方法。新方法基于过渡路径采样和似然最大化。与现有程序的单次迭代相比，它所需的轨迹更少，并且适用于低摩擦动力学和高摩擦动力学。新方法筛选了一组候选集合变量，以获得依赖于一些相关变量的良好反应坐标。贝叶斯信息准则确定其他变量是否显着改善反应坐标。另外，我们提出了一种有利的过渡路径采样算法和一种在集体变量空间中生成最可能的过渡路径的算法。在两个系统上演示了该方法：双稳态模型势能面和Ising模型中的成核作用。对于成核的伊辛模型，我们首次量化了核表面积在成核反应坐标中的作用。令人惊讶地，增加的表面积在二维上增加了核的稳定性，但是在三维上降低了核的稳定性。 （c）2006年美国物理研究所。

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