• 主题
高级搜索  >
历史搜索 清空历史
首页> 外文期刊>RSC Advances >Shedding light on the structural properties of lipid bilayers using molecular dynamics simulation: a review study
【24h】

Shedding light on the structural properties of lipid bilayers using molecular dynamics simulation: a review study

机译：利用分子动力学模拟对脂双层结构特性的脱落：综述研究

获取原文
获取原文并翻译 | 示例
           
页面导航
  • 摘要
  • 著录项
  • 相似文献
  • 相关主题

摘要

In recent years, a massive increase has been observed in the number of published articles describing accurate and reliable molecular dynamics simulations of lipid bilayers. This is due to several reasons, including the development of fast and efficient methods for treating long-range electrostatic interactions, significant progress in computer hardware, progress in atomistic simulation algorithms and the development of well-validated empirical molecular mechanical force fields. Although molecular dynamics is an effective approach for investigating different aspects of lipid bilayers, to the best of our knowledge, there is no review in the literature that explains the different analyses that can be carried out with membrane simulation. This review gives an overview about the some of the most important possible analyses, technical challenges, and existing protocols that can be performed on the biological membrane by molecular dynamics simulation. The reviewed analyses include the degree of membrane disruption, average area per lipid, probability distributions for the area per lipid molecule, membrane thickness, membrane area compressibility, lateral diffusion, rotational diffusion, order parameters, head group tilt, electron density profile, mass density profile, electrostatic potential profile, ordering of vicinity waters, number of hydrogen bonds, and radial distribution function.
机译：近年来，在发表的文章的数量上观察到巨大的增加，描述了脂双层的准确且可靠的分子动力学模拟。这是由于几种原因，包括开发用于处理远程静电相互作用的快速有效方法，计算机硬件的显着进展，原子仿真算法的进展以及验证的经验分子机械力良好的发展。尽管分子动力学是研究脂双层的不同方面的有效方法，但据我们所知，文献中没有审查，该文献说明了可以在膜模拟中进行的不同分析。本次审查概述了通过分子动力学模拟可以对生物膜进行的一些最重要的可能分析，技术挑战和现有方案的概述。审查的分析包括膜中断的程度，每个脂质的平均面积，每个脂质分子的面积概率分布，膜厚度，膜面积压缩性，横向扩散，旋转扩散，订单参数，头部倾斜，电子密度曲线，质量密度轮廓，静电势曲线，附近的排序，氢键数和径向分布函数。

著录项

  • 来源
    《RSC Advances》 |2019年第8期|共15页
  • 作者

    Moradi Sajad; Nowroozi Amin; Shahlaei Mohsen;

  • 作者单位

    Kermanshah Univ Med Sci Nano Drug Delivery Res Ctr Kermanshah Iran;

    Kermanshah Univ Med Sci Fac Pharm Pharmaceut Sci Res Ctr Kermanshah Iran;

    Kermanshah Univ Med Sci Med Biol Res Ctr Kermanshah Iran;

  • 收录信息
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类 化学;
  • 关键词

相似文献

  • 外文文献
  • 中文文献
  • 专利
获取原文

客服邮箱：kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备：11010802029741号 ICP备案号：京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有

  • 客服微信

  • 服务号