ПРЕДСКАЗАНИЕ КОРОТКИХ ПЕТЕЛЬ В БЕЛКАХ С ВНУТРЕННЕЙ НЕУПОРЯДОЧЕННОСТЬЮ

Е. И. Дерюшева; О. В. Галзитская; И. Н. Сердюк

摘要

В данной работе описывается новая возможность Программы FoldUnfold для предсказания коротких неупорядоченных областей (петель) при небольшой ширине окна - 3 аминокислотных остатка (а.о.). На примере трех представителей белков G-семейства показано, что эта Программа предсказывает почти все имеющиеся в них петли, причем их положение хорошо согласуется с данными рентгеноструктурного анализа. Предсказываемые петли в структуре белка Ras-p21 мы расклассифицировали на два типа. В первом--петли имеют высокие значения факторов Дебая-Валлера, типичные для так называемых функциональных петель (гибкие петли). Во втором типе петли имеют более низкие значения фактора Дебая-Валлера и могут рассматриваться как петли, соединяющие элементы вторичной структуры (жесткие петли). Сравнение результатов предсказания с помощью программы FoldUnfold с результатами других программ (PONDR, RONN, DisEMBL, PreLINK, lUPred, GlobPlot 2, Fold Index) свидетельствует о том, что первая намного лучше предсказывает положения коротких петель. С ее помощью для убиквитин-по-добного домена решается еще одна трудная для других программ задача: определение границы междуструктурированной и неструктурированной областями в белках с большой долей неупорядоченности. Так, она определяет границу между структурированной и неструктурированной областями в районе 30-31 а.о., тогда как каждая из других программ приводит к границе, колеблющейся от 28 до 70а.о.

机译：本文介绍了用于预测具有小窗口宽度 - 3氨基酸残基（A.O.）的短无序区域（环）的折叠程序的新特征。在G-Family蛋白的三个代表的例子上，显示该程序几乎预测了它们中可用的所有循环，并且它们的位置与X射线结构分析的数据吻合良好。预测RAS-P21蛋白的结构中的环，我们已被分为两种类型。在第一圈中，循环对所谓的功能环（灵活循环）的典型债务valler因子具有高价值。在第二种类型的循环中，Debye Valler因子的较低值具有并且可以被认为是连接二次结构（硬循环）的元件的环路。使用折叠性程序的预测结果与其他程序的结果（POLDR，RONE，DISMBL，PRELINK，LUPRED，GLOBPLOT 2，FOLD指数）的结果进行比较，指示首先更好地预测短环的位置。凭借其帮助，为泛素样域解决了其他程序的另一个艰巨任务：具有大部分Disordex的蛋白质中间结构和非结构化区域的边界的定义。因此，它决定了30-31 A.O区域中结构化和非结构化区域之间的边界，而每个其他程序导致边界，从28到70a.o波动。

ПРЕДСКАЗАНИЕ КОРОТКИХ ПЕТЕЛЬ В БЕЛКАХ С ВНУТРЕННЕЙ НЕУПОРЯДОЧЕННОСТЬЮ

摘要

著录项

相似文献

相关主题

期刊订阅