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Navigating the disease landscape: knowledge representations for contextualizing molecular signatures

机译：导航疾病景观：关于语境化分子签名的知识表示

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Large amounts of data emerging from experiments in molecular medicine are leading to the identification of molecular signatures associated with disease subtypes. The contextualization of these patterns is important for obtaining mechanistic insight into the aberrant processes associated with a disease, and this typically involves the integration of multiple heterogeneous types of data. In this review, we discuss knowledge representations that can be useful to explore the biological context of molecular signatures, in particular three main approaches, namely, pathway mapping approaches, molecular network centric approaches and approaches that represent biological statements as knowledge graphs. We discuss the utility of each of these paradigms, illustrate how they can be leveraged with selected practical examples and identify ongoing challenges for this field of research.
机译：从分子医学中的实验中出现的大量数据导致鉴定与疾病亚型相关的分子签名。 这些模式的上下文化对于获得与疾病相关的异常过程的机械洞察，这通常涉及多种异构类型的数据的集成。 在本文中，我们讨论了探索分子签名的生物学背景，特别是三种主要方法，即途径映射方法，分子网络以代表知识图表的方法，即代表生物学陈述的方法。 我们讨论了每个范式的效用，说明了如何利用所选择的实际例子，并确定这一研究领域的持续挑战。

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