...
  • 主题
高级搜索  >
历史搜索 清空历史
首页> 外文期刊>Молекулярная биология >УРОВЕНЬ sgPHK КАК ОСНОВНОЙ ФАКТОР, ВЛИЯЮЩИЙ НА ЭФФЕКТИВНОСТЬ CRISPRi НОКДАУНА В КЛЕТОЧНОЙ ЛИНИИ К5621' 2
【24h】

УРОВЕНЬ sgPHK КАК ОСНОВНОЙ ФАКТОР, ВЛИЯЮЩИЙ НА ЭФФЕКТИВНОСТЬ CRISPRi НОКДАУНА В КЛЕТОЧНОЙ ЛИНИИ К5621' 2

机译：SGPHK水平作为影响细胞系K5621'2中Crispri Nocdaune效率的主要因素。

获取原文
获取原文并翻译 | 示例
           
页面导航
  • 摘要
  • 著录项
  • 相似文献
  • 相关主题

摘要

В работе определяли вклад уровня экспрессии неактивной нуклеазы Cas9 (dCas9) и гид-РНК (sgPHK) в эффективность нокдауна системой CRISPR-интерференции (CRISPRi). С этой целью получены клоны клеток К562, продуцирующие белок KRAB-dCas9 на различных уровнях под контролем индуцибельной системы Tet-on или конститутивного промотора SFFV. Отдельные клоны были отобраны с помощью сортировки клеток с активацией флуоресценции (FACS) для дальнейшегоизучения. В качестве мишеней sgPHK-экспрессирующих лентивирусных векторов из двух библиотек использовали шесть генов в четырех клеточных линиях с различными уровнями экспрессии KRAB-dCas9. Уровни экспрессии KRAB-dCas9/sgPHK и эффективность нокдауна оценивали методом проточной цитометрии. В клоне клеток с наивысшим уровнем экспрессии KRAB-dCas9 воспроизводимо и статистически значимо наблюдали наиболее эффективный нокдаун. Эти данные указывают на то, что уровень KRAB-dCas9 может определять эффективность CRISPRi. В этом клоне меняли уровень экспрессии sgPHK, манипулируя с множественностью инфекции (MOI) при лентивирусной трансдукции. Обнаружено, что эффективность нокдауна не коррелировала ни с уровнем экспрессии целевого гена, ни с уровнем KRAB-dCas9, который оставался относительно постоянным (коэффициент вариации 2.2%). В случае генов mmadhc, rpia и zn/148 эффективность нокдауна составила 74.72,72.28 и 39.08% соответственно и коррелировала с уровнем экспрессии sgPHK. В ходе анализа линейной регрессионной модели установлено, что на эффективность нокдауна влияет уровень экспрессии как KRAB-dCas9, так и sgPHK. Однако детальные расчеты показывают, что наибольший вклад вносит уровень sgPHK, что позволяет считать его основным фактором, влияющим на эффективность CRISPRi.
机译：这项工作确定了非活性核酶CAS9（DCAS9）和引导RNA（SGPHK）的表达水平对CRISPR干扰系统（CRISPRI）击倒效率的贡献。为此，获得了K562细胞克隆体，在诱导系统TET-ON或结构启动子SFFV的控制下，在不同水平上产生KRAB-DCAS9蛋白。通过荧光活化（FACS）细胞的排序对单个克隆进行了筛选，进一步研究.两个库的SGPHK表达带状病毒载体的靶点是四个细胞系中的六个基因，具有不同的表达水平KRAB-DCAS9。用流式细胞测定法评价了Krab-DCAS9/SGPHK的表达水平和敲除效果。在表达水平最高的细胞克隆中，KRAB-DCAS9被复制并统计显著地观察到最有效的击倒。这些数据表明，Krab-DCAS9级可以决定CRISPRI的有效性.在这种克隆中，SGPHK的表达水平发生了变化，操纵了带状病毒转导的多种感染（MOI）。发现敲除效率与靶基因表达水平或保持相对恒定的KRAB-DCAS9水平均无相关性（变异系数为2.2%）。在MMADHC、RPIA和ZN/148基因中，敲除效率分别为74.72,72.28%和39.08%，与SGPHK表达水平相关。通过线性回归模型分析，发现KRAB-DCAS9和SGPHK两种表达水平均影响击发效率.然而，详细的计算表明，SGPHK的贡献率最高，这被认为是影响CRISPRI效率的主要因素。

著录项

相似文献

  • 外文文献
  • 中文文献
  • 专利
获取原文

客服邮箱：kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备：11010802029741号 ICP备案号：京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有

  • 客服微信

  • 服务号