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Analyse et modélisation des effets des pratiques culturales sur les épidémies de mildiou de la pomme de terre. Adaptation du modèle SIPPOM (Simulator for Integrated Pathogen POpulation Management) au pathosystème

机译：分析和模拟耕作方式对马铃薯晚疫病暴发的影响。适应病原系统的SIPPOM（综合病原菌抑制管理模拟器）模型

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Le mildiou de la pomme de terre, causé par l'agent pathogène Phytophthora infestans est l'une des maladies les plus préjudiciables de la culture. Jusqu'à présent, la lutte chimique reste le moyen de contrôle le plus utilisé pour la maîtriser, classant la pomme de terre au premier rang en termes d'Indices de Fréquence de Traitement en grande culture. Par ailleurs, l'utilisation de variétés résistantes, comportant notamment des gènes de résistances spécifiques, a également démontré son efficacité pour limiter les dégâts engendrés par cette maladie. Mais leur efficacité est peu durable avec une durée moyenne de 4 ans avant l'apparition du phénomène de contournement par les isolats plus virulents. Il est donc nécessaire de développer des stratégies de contrôle de la maladie en combinant un ensemble d'approches génétiques, culturales, physiques, et chimiques afin de satisfaire au mieux les objectifs agronomiques, environnementaux et socio-économiques. Un modèle, nommé SIPPOM (Simulator for Integrated Pathogen POpulation Management), avait été développé dans le cas de la gestion durable du phoma du colza. Le présent travail a consisté à adapter la structure générique de SIPPOM au cas de la gestion intégrée du mildiou de la pomme de terre en développant des modules spécifiques à partir de modèles préexistants ou développés spécifiquement. Un modèle de culture (Spudgro), un modèle épidémiologique (Guntz-Divoux / Milsol), un modèle de nuisibilité (modèle de Shtienberg) et une fonction de dispersion (modèle de Scherm) ont été identifiés dans la littérature, adaptés et intégrés dans la structure générique de SIPPOM. Cet ensemble de modules a donné lieu à la réalisation du premier prototype opérationnel de la version informatisée de SIPPOM-de-terre sur la plate-forme de modélisation RECORD. Un nouveau modèle, appelé VOLPONE, a été développé pour représenter les dynamiques de repousses de pomme de terre dans une parcelle et sur un tas de déchets. Ce modèle permet de représenter les sources d'inoculum primaire à l'échelle du territoire sous l'influence du climat et des pratiques agricoles. La qualité prédictive du modèle de nuisibilité a été estimée à partir d'un jeu de données expérimentales générées au cours du travail de thèse et s'est montrée correcte. Des exemples de résultats issus de simulations réalisées à l'aide du premier prototype montrent la capacité du modèle, en fonction d'une combinaison de pratiques culturales et de conditions climatiques variables, à prédire la dynamique épidémique de la maladie, ainsi que les dégâts et dommages associés à l'échelle de la parcelle ou sur un parcellaire simple. Néanmoins, d'autres tâches restent à accomplir afin de disposer d'une version achevée de SIPPOM-de-terre sur la plate-forme RECORD. Le travail réalisé illustre la généricité du modèle d'origine SIPPOM et contribue à la production de connaissances et de références permettant l'optimisation d'outils existants tels Mileos®. Les avancées réalisées pourront contribuer à la conception de stratégies de gestion intégrée, collectives et durables pour cette maladie.
机译：由病原疫霉引起的马铃薯晚疫病是农作物中最具破坏性的疾病之一。迄今为止，化学控制仍然是控制它的最常用的控制手段，在大田作物的处理频率指数方面，马铃薯排名第一。另外，使用抗性品种，特别是特定的抗性基因，也证明了其在限制这种疾病引起的损害方面的有效性。但是，它们的效力在更强毒的分离株出现旁路现象之前平均持续4年是不可持续的。因此，有必要通过结合一系列遗传，文化，物理和化学方法来制定疾病控制策略，以最好地满足农艺，环境和社会经济目标。已经开发了一种名为SIPPOM（综合病原体抑制管理模拟器）的模型，用于油菜籽气孔的可持续管理。当前的工作包括通过从现有的或专门开发的模型中开发特定模块，使SIPPOM的通用结构适应马铃薯晚疫病的综合管理。在文献中已经确定了文化模型（Spudgro），流行病学模型（Guntz-Divoux / Milsol），危害模型（Shtienberg模型）和传播函数（Scherm模型），并进行了调整和整合SIPPOM的通用结构。这套模块导致在RECORD建模平台上创建了SIPPOM-de-terre计算机化版本的第一个操作原型。已经开发出一种新的模型，称为VOLPONE，以表示田间和一堆废物上马铃薯再生的动态。该模型使得可以在气候和农业实践的影响下，在地区范围内代表主要接种源。扰动模型的预测质量是根据论文工作期间产生的一组实验数据估算得出的，并被证明是正确的。使用第一个原型进行的模拟结果的示例表明，根据文化实践和可变气候条件的组合，该模型具有预测疾病流行趋势以及损害和危害的能力。与地块比例或单个地块相关的损坏。但是，要在RECORD平台上具有SIPPOM-de-terre的完整版本，还有其他任务需要完成。所开展的工作说明了原始SIPPOM模型的通用性，并有助于知识和参考文献的产生，从而可以优化现有工具（如Mileos®）。所取得的进展可能有助于设计该疾病的综合，集体和可持续管理策略。

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