利用THRSPα基因培育京海黄鸡低脂系的方法

技术领域

本发明属于家禽育种领域，具体涉及一种利用THRSPα基因培育京海黄鸡低脂系的方法。

背景技术

过去大多数育种专家主要关注鸡的生长速度和体重的增加情况，却忽略了鸡脂肪性状尤其是腹部脂肪性状的选择，因此在鸡生长速度不断加快的同时，也产生了脂肪沉积过多的问题。脂肪沉积主要发生在鸡的皮下、内脏、肌肉以及骨骼等部位，其中鸡腹部皮下是脂肪沉积的主要部位。肉鸡腹脂沉积过多不仅会降低饲料利用率，而且还影响肉鸡的屠体性状，蛋鸡过肥会影响蛋鸡的开产日龄及产蛋量，因此对鸡腹脂性状的遗传改良越来越受到育种学家以及养殖企业的重视。虽然常规育种方法在家禽遗传改良中取得一定进展，但该方法育种周期长，费用高，而分子标记辅助选择方法不仅降低了育种成本，更可以加快育种进程，为家禽育种工作提供了强有力的工具。

甲状腺激素应答蛋白Spot 14(THRSP)是一个参与调控脂肪生成酶活性进而影响组织脂类代谢的转录调控因子，THRSPα是Spot 14的一种亚型,THRSPα基因编码的蛋白是一种小分子量、酸性的细胞核内蛋白，它正调控或负调控辅激活转录因子，在组织特异性脂类代谢调控中起到关键的作用。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种利用THRSPα基因培育京海黄鸡低脂系的方法。该方法利用THRSPα基因外显子2上发生的C129T和T160G两处突变及产生的不同基因型，对鸡的腹脂重和腹脂率进行标记辅助选择，该方法不受环境影响。

本发明公开了THRSPα基因外显子2作为京海黄鸡腹脂重和腹脂率的分子遗传标记的应用。所述应用具体是在培育京海黄鸡低脂系时选择THRSPα基因外显子2的129和160bp处分别为T和G等位基因的纯合个体。

本发明公开了THRSPα基因外显子2上C129T和T160G两处突变位点作为与京海黄鸡腹脂重以及腹脂率显著相关的特异分子标记的应用。

本发明还公开了一种利用THRSPα基因培育京海黄鸡低脂系的方法，是选择京海黄鸡中在THRSPα基因外显子2的129和160bp处分别为T和G等位基因的纯合个体为基础群，经过多个世代的选种选育后，直至低腹脂性状得到固定,在此选育过程中每一世代均利用THRSPα基因外显子2的129和160bp处分别为T和G进行选择。

对THRSPα基因外显子2的分子标记检测方法如下：提取待测样本的鸡基因组DNA，经序列如SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示的特异性引物扩增得到221bp的目的片段；目的片段经SSCP分析，凝胶电泳后用银染显色，得到DNA的SSCP图谱，根据图谱中的带型筛选基因型为DD的个体；或者是直接测序，在THRSPα基因外显子2的129和160bp处分别为T和G等位基因的个体。

本发明的原理是：针对THRSPα基因外显子2设计了一对引物，以京海黄鸡全基因组DNA为模板进行扩增，扩增产物经SSCP分析产生6种基因型(AA、BB、CC、DD、AB和CD)，直接测序表明BB型与AA型相比在129bp处发生了C→T突变，CC型与AA型相比在160bp处发生T→G突变,DD型与AA型相比分别在129bp和160bp处发生C→T和T→G两处突变。将不同基因型与京海黄鸡腹脂重和腹脂率进行相关分析(由于BB基因型个体数小于3，不参与相关分析)，分析结果表明DD基因型个体腹脂重和腹脂率最低，且极显著低于其它基因型个体(P<0.01)。该选择的效果显著，检测方法简单快捷，且不受外界环境的影响，可以用于检测京海黄鸡低腹脂率的分子遗传标记。

附图说明

图1是THRSPα基因的SSCP图谱。

图2是THRSPα基因的测序图。

具体实施方式

实施例1

1.试验材料

选取饲养于江苏京海禽业集团有限公司同一批次的379只京海黄鸡，进行翅静脉采血和屠宰测定。记录和整理这批鸡的屠体性状指标。采用酚氯仿抽提法提取鸡基因组DNA，溶于TE，NANODROP1000核酸浓度测定仪测定浓度和纯度后-20℃保存。

2.引物设计和PCR扩增

2.1 SSCP引物的设计

根据GenBank已发表的THRSPα基因外显子2序列(登录号：NC＿006088.3)设计1对引物，扩增产物片段大小为221bp。引物序列如下：

F:5’-ACTGTGTCCGTTCTCCCAAC-3’(SEQ ID NO：1)

R:5’-CTCATTTCTGCCCTGCCTAC-3’(SEQ ID NO：2)

1.2 PCR扩增

PCR扩增反应体系为20μL：10×buffer(25mmol/L)2μL；Mg²⁺(10pmol/μL)2.2μL；dNTPs(2.5mmol/L)0.8μL，DNA模板1μL，引物(均为10pmol/L)各1μL，TaqDNA聚合酶(5U/μL)0.2μL，双蒸水11.8μL。扩增程序：94℃预变性5min；94℃变性30s，退火30s，72℃延伸30s，30个循环；最后72℃延伸10min，4℃保存产物。引物退火温度为60℃。聚丙烯酰胺凝胶电泳检测扩增产物。

2.3 PCR‐SSCP检测

将2.5μL PCR产物和7.5μL上样缓冲液混合，98C变性10min后，迅速冰浴10min。取变性后的PCR产物7μL进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，先用250V电压预电泳5min，再用110V的电压电泳10～12h后，银染显色。

引物扩增片段的SSCP图谱如图1所示，显示6种基因型，分别定义为AA、BB、CC、DD、AB和CD基因型(带型表明形成了6种基因型，四种纯合型分别用AA、BB、CC和DD表示，两种杂合型用AB和CD表示，AA型在129和160bp处的等位基因分别为C和T，BB型在相应的位点分别为T和T，CC型在相应的位点分别为C和G，DD型在相应的位点分别为T和G)。将各基因型PCR产物片段进行测序，结果发现：BB与AA相比在外显子2中检测到C129T突变，CC与AA相比在外显子2中检测到T160G突变，DD与AA相比在外显子2中检测到C129T和T160G两处突变(图2)。

2.4 THRSPα基因各基因型与京海黄鸡腹脂重和腹脂率关联分析

运用下列模型：Y_ij＝μ+G_j+e_ij，分析THRSPα基因各基因型对京海黄鸡腹脂性状的遗传效应，其中，Y_ij为腹脂性状的记录值；μ为群体平均值；G_i为基因型效应，e_ij是随机误差。京海黄鸡DD基因型与其他基因型腹脂重以及腹脂率的比较见表1。

表1京海黄鸡THRSPα基因不同基因型腹脂重和腹脂率的比较

注：同行数据肩注不同大写字母者表示差异极显著(P<0.01)，肩注不同小写字母者表示差异显著(P<0.05)。

在所有基因型中，DD基因型的腹脂重和腹脂率均为最低，DD基因型的腹脂重比AB基因型低41.89g(P<0.01)，腹脂率比AB基因型低3.59％(P<0.01)，DD基因型腹脂重比5种基因型平均腹脂重24.54g低4.92g，腹脂率比5种基因型平均腹脂率4.52％低2.32％。筛选THRSPα基因DD基因型可以降低京海黄鸡腹脂重和腹脂率，所以根据鸡THRSPα基因的SSCP图谱筛选DD基因型可作为培育京海黄鸡低脂系的方法。

SEQUENCE LISTING

<110> 扬州大学

<120> 利用THRSPα基因培育京海黄鸡低脂系的方法

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<170> PatentIn version 3.3

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<212> DNA

<213> 人工序列

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