本发明公开了用于鉴定尖孢镰刀菌番茄颈腐根腐病的分子标记及其应用。所述分子标记FrlDel30‑1的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其为鉴定尖孢镰刀菌番茄颈腐根腐专化型的分子标记；所述分子标记FrlDel30‑2的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，其为鉴定尖孢镰刀菌番茄枯萎病致病菌生理小种3型的分子标记，并且用于检测分子标记的引物对包括FrlDel30F：5’‑GAGCGGGAGTTGAATTCTTG‑3’；FrlDel30R：5’‑AAGAGCCTGCTCCA GTTGAA‑3’。本发明的分子标记能够简答、快速准确的区分尖孢镰刀菌番茄颈腐根腐病专化型菌株及尖孢镰刀菌番茄枯萎病致病菌生理小种3型病菌，其对于感病番茄中尖孢镰刀菌的类型的鉴定以及感病番茄发病部位或组织的检测具有重要的作用。
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