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部分HIV-1 env基因序列特征和亚型分析

摘要

HIV-1膜蛋白基因(env)具有高度的变异性,外膜蛋白是病毒识别并结合宿主细胞CD4受体和CCR5/CXCR4辅助受体的重要蛋白。当编码HIV-l外膜蛋白的gpl20基因发生变异时不仅直接影响病毒的中和抗原决定簇,而且还影响病毒对T细胞或巨噬细胞的嗜性、CCR5/CXCR4辅助受体的使用以及细胞的融合力。本研究采用套式聚合酶链反应(nested-PCR)的方法,扩增HIV-1 env基因区,获得19份HIV-1env基因片段。通过NCBI的Blast程序对所获得的enu基因核昔酸序列进行初步比对,然后利用MEGA 5.04软件包中Neighber-jioining方法构建系统进化树。统过系统进化树分析部分HIV-1 env基因序列特征和亚型。

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