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基于氨基酸接触势能的蛋白质结构动力学模态分析方法

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蛋白质生物功能与结构动力学特征关系密切,从飞秒尺度的共价键局部振动到整个结构的扩散运动,蛋白质结构运动具有十分宽广的振动谱.模态分析方法是目前蛋白质结构动力学研究中最重要的方法之一,该方法利用调和函数逼近平衡态附近的结构势能,并通过势能函数的Hessian矩阵特征值问题求解结构的振动频率和振动模态.常规模态分析方法中氨基酸残基之间作用力与残基类型无关,但是实际氨基酸的带电、疏水、亲水等属性对于相互间作用力起到关键作用.本文基于氨基酸之间平均作用力场接触势能函数,提出了与氨基酸类型相关的作用力模型.该模型能够更加真实表述结构内部的作用力分布情况,使结构振动频率和振动模态分析更加准确,有助于刻画与氨基酸种类有关的局部振动模态.

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来源
《中国力学大会2011暨钱学森诞辰100周年纪念大会》|2011年|1-10|共10页
会议地点哈尔滨
作者
孙卫涛;
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作者单位

中国力学学会;

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会议组织
正文语种
原文格式 PDF
中图分类分子结构;
关键词
蛋白质; 结构动力学; 生物功能; 氨基酸; 接触势能; 模态分析方法;

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