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猪细小病毒疫苗株的NS1基因克隆及生物信息学分析

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根据GenBank登录的猪细小病毒株NADL-2(NC001718)的NS1基因序列设计一对特异性引物,采用PCR技术扩增猪细小病毒疫苗株NS1基因,将PCR扩增产物克隆入pTA2栽体构建重组质粒pTA2-NS1,并进行测序鉴定.测序结果显示,构建的pTA2-NS1质粒含有一个ORF,全长1989 bp,共编码662个氨基酸,与GenBank登录的猪细小病毒参考株NADL-2、Kresse株的NS1基因的核苷酸同源性分别99.85％、99.65％,氨基酸同源性分别为99.70％、99.70％.上述结果说明试验成功构建了含有猪细小病毒NS1基因的重组质粒pTA2-NS1.应用DNAStar软件及在线ProtScale、SignalP4.0、TMHMM、Scansite、PSORTⅡ等生物信息学软件对NS1基因及其编码蛋白进行生物信息学分析,结果显示NS1分子量为75.7KD,等电点PI为6.82,是弱酸性蛋白;NS1蛋白不合信号肽序列,没有跨膜区,为可溶性蛋白,主要定位于细胞核内,T199、Y309、T338、T512、S631、T635为其潜在磷酸化位点.以上研究分析为进一步开展NS1蛋白功能研究奠定基础.

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来源
《四川省畜牧兽医学会2014学术年会》|2014年|357-362|共6页
会议地点成都
作者
李兴玉; 李金海; 林毅; 曹冶; 罗丹丹; 廖党金; 魏甬; 李江凌; 于吉锋;
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作者单位

四川省畜牧兽医学会;

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会议组织
正文语种
原文格式 PDF
中图分类 S858.28:S852.659.2;
关键词
猪细小病毒; 非结构蛋白; 基因序列; 克隆技术; 生物信息学;

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