首页> 中文会议>中国烟草学会2016年学术年会 >普通烟草及其祖先种基因组SSR位点信息分析

普通烟草及其祖先种基因组SSR位点信息分析

页面导航

摘要
著录项
相似文献
相关主题

摘要

目的：通过对普通烟草(Nicotiana tabacum L.;2n=24Ⅱ=48TTSS)及其两个祖先种-绒毛状烟草(Nicotiana tomentosoformis L.;2n=12Ⅱ=24TT)和林烟草(Nicotiana sylvestris L.;2n=12Ⅱ=24SS)基因组SSR位点信息的统计分析,为烟草属植物应用SSR分子标记进行大规模的遗传分析提供基础. 方法：利用公共数据库NCBI(National Center for Biotechnology Information)中普通烟草基因组、绒毛状烟草基因组和林烟草基因组数据,分析其各自SSR位点分布特征,并根据SSR位点的搜索结果,合成了150对引物(每个基因组随机合成了50对),利用分别属于5个不同烟草组的8份烟草材料对所合成的引物进行应用性验证和通用性检测. 结果：在全长分别为1.64Gb、2.05Gb和3.60Gb的绒毛状烟草基因组、林烟草基因组和普通烟草基因组中分别获得了218081、263478和397432个SSR位点,SSR间的平均距离分别为7.52kb、7.78kb和9.06kb.在SSR位点的分布区域上,绝大部分的SSR位点分布在内含子和UTR(尤其是5′-UTR)区域;在SSR基序类型上,主要集中在二、三碱基基序且二者占基因组内SSR位点总数目的66％以上,其中,二碱基基序类型丰度最高;在SSR基序结构上,基因组中出现频率及数量最高的是含有A(T)n的基序结构;在SSR基序的重复次数上,除单碱基基序类型外,重复次数多在3-10次之间.利用8份烟草材料验证所合成的150对引物,所有合成的引物均能扩增获得目标片段,其中有36对引物存在扩增多态性. 结论：绒毛状烟草、林烟草和普通烟草基因组内SSR分布呈现一定的规律性,初步验证了SSR位点在亲缘关系相对较近的烟草种间具有高度保守性和通用性,基于此三份烟草基因组数据开发SSR引物用于后续的相关遗传研究具有可行性.

著录项

来源
《中国烟草学会2016年学术年会》||1-16|共16页
会议地点北京
作者
TONG Zhi-jun; 童治军; JIAO Fang-chan; 焦芳婵; XIAO Bing-guang; 肖炳光;
展开▼
作者单位

中国烟草学会;

展开▼
会议组织
正文语种
原文格式 PDF
中图分类
关键词
烟草; 基因组学; 简单重复序列标记位点; 遗传分析;

相似文献

中文文献
外文文献
专利

1. 普通烟草及其祖先种基因组SSR位点分析 [J] . 童治军 ,焦芳婵 ,肖炳光 . 中国农业科学 . 2015,第011期
2. 3种烟草基因组SSR位点信息分析和标记开发 [J] . 童治军 ,肖炳光 . 西北植物学报 . 2014,第008期
3. 绒毛状烟草基因组中SSR位点的信息分析 [J] . 王卫锋 ,晁江涛 ,龚达平 . 中国烟草科学 . 2011,第003期
4. 烟草叶绿体基因组和线粒体基因组SSR位点分析 [J] . 李绪英 ,肖炳光 ,高玉龙 . 西北植物学报 . 2011,第012期
5. 甘蔗栽培种单倍体基因组SSR位点的发掘与应用 [J] . 王恒波 ,祁舒婷 ,陈姝琦 . 作物学报 . 2020,第004期
6. 基于全基因组序列的香菇商业菌种SSR遗传多样性分析及多位点指纹图谱构建的研究 [C] . ZHANG Dan ,张丹 ,SONG Chun-Yan . 第十届全国食用菌学术研讨会 . 2014
7. 小麦祖先种A组/D组与水稻基因组比较分析 [A] . 许陶瑜 . 2019

普通烟草及其祖先种基因组SSR位点信息分析

摘要

著录项

相似文献

相关主题

期刊订阅