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利用DGGE指纹图谱分析香蕉土壤中的细菌多样性

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本实验拟从土壤细菌多样性方面揭示这些处理对土壤的影响.目前对于香蕉土壤的微生物多样性研究主要是传统培养的方法,但是土壤中只有1％的微生物是可培养的,大部分微生物是"存活但不能培养".本研究拟采集不同地域、不同处理、不同发病状态的香蕉土壤，对其进行DGGE指纹图谱分析。土壤总DNA代表了土壤中整个细菌区系的基因组成，所以其提取与纯化是利用DGGE指纹分析进行基因多样性研究的关键，产率高低直接影响着结果分析的准确性。土壤中含有大量的腐植酸，腐植酸会严重影响下一步PCR的扩增。因此在提取纯化过程中要反复调整DNA的提取步骤和试剂，得到比较优化的提取方案。本实验纯化后各土壤总DNA的ODz6dODzs。均大于1.8而小于2.0，OD260/OD230均在1.5-1.8。电泳检测可见清晰条带。PCR扩增产物的特异性会对DGGE实验产生至关重要的影响，包括适合的引物及其浓度、适当的模板浓度，确定初始退火温度和总循环数。本实验采用巢式PCR和降落PCR相结合的方法，能得到比较特异的230 by的目的条带。DGGE图谱的初步分析结果表明:香蕉土壤中的菌种丰富度非常高，不同处理的土壤样品在条带的数量、位置及条带亮度上均存在较大的差异，但同一处理条件下的健康植株土样比发病植株土样的细菌多样性略高。并且，未施用任何处理的阴性对照土样的细菌多样性最高，其次是芽抱杆菌处理2年的土样，第三是芽抱杆菌处理1年的土样，用药剂处理的土样其细菌多样性最低。更加进一步的DGGE条带信息和有关其他土样的DGGE分析正在分析中。

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来源
《中国植物病理学会2010年学术年会》|2010年|714|共1页
会议地点厦门
作者
欧阳娴; 吴超; 阮小蕾; 李华平;
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作者单位

中国植物病理学会;

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会议组织
正文语种
原文格式 PDF
中图分类多年生草本果类病虫害;
关键词
香蕉枯萎病; 土壤细菌; 微生物多样性; 变性梯度凝胶电泳; 指纹图谱;

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