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DEFA1A3拷贝数变异在亚洲人群的分布及中国系统性红斑狼疮中的关联分析B

摘要

目的:探讨NET重要成分之一的防御素编码基因DEFA1A3拷贝数变异在中国人和日本人中的分布特点及其与SLE发病的关联性.方法:45例中国北京汉族人群(Han Chinese in Beijing,CHB)及45例口本东京人群(Japanese in Tokyo,JPT)来源于Coriell Cell Repositories(Camden,NJ,USA),163例SLE患者为北京大学第一医院肾活检证实的狼疮肾病患者,153例健康对照为健康献血员。DEFAlA3拷贝数用实时定量多聚酶链反应(real-timepolymerase chain reaction,RT-PCR)相对标准曲线法检测,用另一个RT-PCR反应体系及全基因组测序结果对方法进行验证。结果:本研究中采用多种方法检测DEFAlA3拷贝数变异结果高度一致(p<0.001,r>0.95)。CHB人群DEFAlA3拷贝数介于每二倍体3至11拷贝,明显低于JPT人群的4至16拷贝(p=1.76x10-4)。CHB人群中未发现DEFAlA3拷贝数变异与标签SNPs及mRNA表达的关系(p>0.05)。而在JPT人群,DEFAlA3拷贝数变异与标签SNPs(rs2738113,rs7825750)基因型相关(p=4.60x10-5,p=0.002),进一步分析发现rs2238113基因型与IFNamRNA表达相关(p=0.023)。在SLE病例对照研究中,未发现DEFAlA3拷贝数变异与疾病发病易感性及其临床表型(自身抗体、疾病活动性及靶器官受累等)的关系。结论:通过建立可靠的DEFAlA3拷贝数检测方法分析了HapMap亚洲人群的DEFAlA3拷贝数变异的分布;发现口本人群的DEFAlA3拷贝数明显高于中国人群,tSNP及基因表达分析提示中口人群此基因遗传变异存在显著异质性。中国人群中DEFAlA3拷贝数变异与SLE无关联。进一步研究不同人群NET遗传学在SLE中的作用机制非常必要。

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