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茉莉酸诱导的与番茄根结线虫病相关的小RNA分析

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小RNA为一类非编码RNA分子,在转录水平、转录后水平和翻译水平调控植物的生长发育、生物胁迫和非生物胁迫.以番茄野生型(WT),茉莉酸缺失突变体(spr2)为材料进行高通量测序,并通过生物信息学来分析根结线虫诱导的小RNA.通过与miRBase16.0中番茄已知miRNA比对,得到保守miRNA29个(WT)和26个(spr2).通过与miRBase16.0中所有物种的miRNA比对,得到WT和spr2差异表达的miRNA50个.根据miRNA前体的标志性发夹结构,预测得到新的有靶基因的miRNA45个(WT)和52个(spr2).实验也鉴定出几十万个siRNA和其他类型的小RNA.野生型和突变体中小RNA的差异性表达说明,小RNA在参与番茄对根结线虫胁迫反应中的功能差异.GO分析表明这些miRNA靶基因参与各种生物胁迫和非生物胁迫,包括与线虫的互作反应.

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来源
《第十一届全国植物线虫学学术研讨会》|2012年|59-64|共6页
会议地点南京
作者
CHEN Hua; 陈华; CHANG Wei; 昌伟; WANG Shao-hui;
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作者单位

中国植物病理学会;

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会议组织
正文语种
原文格式 PDF
中图分类虫害;
关键词
番茄; 根结线虫病; 小RNA; 差异性表达;

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