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首页> 外文会议>2012 SC Companion: High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis. >Deploying Bioinformatics Workflows on Clouds with Galaxy and Globus Provision
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Deploying Bioinformatics Workflows on Clouds with Galaxy and Globus Provision

机译：使用Galaxy和Globus Provisioning在云上部署生物信息学工作流

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摘要

Cloud computing is attracting increasing attention as a means of providing users with fast provisioning of computational and storage resources, elastic scaling, and pay-as-you-go pricing. The integration of scientific workflows and Cloud computing has the potential to significantly improve resource utilization, processing speed, and user experience. This paper proposes a novel approach for deploying bioinformatics workflows in Cloud environments using Galaxy, a platform for scientific workflows, and Globus Provision, a tool for deploying distributed computing clusters on Amazon EC2. Collectively this combination of tools provides an easy to use, high performance and scalable workflow environment that addresses the needs of data-intensive applications through dynamic cluster configuration, automatic user-defined node provisioning, high speed data transfer, and automated deployment and configuration of domain-specific software. To demonstrate how this approach can be used in practice we present a domain-specific workflow use case and performance evaluation.
机译：云计算作为一种为用户提供快速提供的计算和存储资源，弹性伸缩和按需付费定价的方法，正引起越来越多的关注。科学工作流程与云计算的集成具有显着提高资源利用率，处理速度和用户体验的潜力。本文提出了一种新方法，该方法使用科学工作流平台Galaxy和用于在Amazon EC2上部署分布式计算集群的工具Globus Provision在云环境中部署生物信息学工作流。这些工具的组合共同提供了易于使用，高性能和可扩展的工作流环境，可通过动态集群配置，自动用户定义的节点供应，高速数据传输以及域的自动部署和配置来满足数据密集型应用程序的需求。专用软件。为了演示如何在实践中使用此方法，我们提出了特定领域的工作流用例和性能评估。

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