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Gene Team Tree: A Compact Representation of All Gene Teams

机译：基因团队树：所有基因团队的紧凑表示

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The identification of conserved gene clusters is an important step towards understanding genome evolution and predicting the function of genes. Gene team is a model for conserved gene clusters that takes into account the position of genes on a genome. Existing algorithms for finding gene teams require the user to specify the maximum distance between adjacent genes in a team. However, determining suitable values for this parameter, δ, is non-trivial. Instead of trying to determine a single best value, we propose constructing the gene team tree (GTT),which is a compact representation of all gene teams for every possible value of δ. Our algorithm for computing the GTT extends existing gene team mining algorithms without increasing their time complexity. We compute the GTT for E. coli K-12 and B. subtilis and show that E.coli K-12 operons are recovered at different values of δ. We also describe how to compute the GTT for multi-chromosomal genomes and illustrate using the GTT for the human and mouse genomes.
机译：保守基因簇的鉴定是理解基因组进化和预测基因功能的重要一步。基因团队是保守基因簇的模型，它考虑了基因在基因组中的位置。现有的寻找基因团队的算法要求用户指定团队中相邻基因之间的最大距离。但是，确定适用于此参数δ的适当值并非易事。我们建议构建基因团队树（GTT），而不是尝试确定单个最佳值，它是所有可能的δ值的所有基因团队的紧凑表示。我们用于计算GTT的算法在不增加时间复杂性的情况下扩展了现有的基因组挖掘算法。我们计算了大肠杆菌K-12和枯草芽孢杆菌的GTT，并表明大肠杆菌K-12操纵子在不同的δ值下回收。我们还描述了如何计算多染色体基因组的GTT，并说明了使用人和小鼠基因组的GTT。

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