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【24h】

A Fast and Exact Algorithm for the Median of Three Problem A Graph Decomposition Approach

机译：图中三个问题中位数的快速精确算法

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In a previous paper, we have shown that adequate subgraphs can be used to decompose multiple breakpoint graphs, achieving a, dramatic speedup in solving the median problem. In this paper, focusing on the median of three problem, we prove more important properties about adequate subgraphs with rank 3 and discuss the algorithms inventorying simple adequate subgraphs. After finding simple adequate subgraphs of small sizes, we incorporate them into ASMedian, an algorithm to solve the median of three problem. Results on simulated data show dramatic speedup so that many instances can be solved very quickly, even ones containing hundreds or thousands of genes.
机译：在先前的论文中，我们表明可以使用足够的子图来分解多个断点图，从而在解决中位数问题上实现了显着的加速。在本文中，着重于三个问题的中位数，我们证明了等级为3的充分子图的更重要的性质，并讨论了库存简单充分子图的算法。找到合适的小尺寸子图后，我们将它们合并到ASMedian中，该算法可解决三个问题的中位数。模拟数据的结果显示出惊人的加速效果，因此许多实例都可以非常快速地解决，即使包含数百或数千个基因的实例也是如此。

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