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Marked regulatory graphs: a formal framework to simulate biological regulatory networks with simple automata

机译：标记的调节图：通过简单的自动机模拟生物调节网络的正式框架

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In the field of biological regulation, models obtained from experimental biology are usually complex networks of induction and repression between genes. Due to the development of high throughput genomic, it is now necessary to treat large scale networks. The challenge is to automatically analyze their behavior. We propose a formal framework to define these biological regulatory networks. Our model is derived from R. Thomas representation, where a biological regulatory network can be seen as a discrete model. We propose a formal definition of such a representation. We separate the static part (description of the systems) from the dynamic part (we develop two semantics, synchronous or asynchronous, to illustrate our method). A software environment to support this framework is also described. This software, developed to be used by biologists, can be used to rapidly obtain a prototype describing the behavior of the system, for product simulations and to automize proofs of properties.
机译：在生物调节领域，从实验生物学获得的模型通常是基因之间诱导和抑制的复杂网络。由于高通量基因组的发展，现在有必要处理大规模网络。挑战在于自动分析其行为。我们提出了一个正式的框架来定义这些生物调控网络。我们的模型源自R. Thomas表示，其中生物调节网络可以看作是离散模型。我们提出了这种表示形式的正式定义。我们将静态部分（系统描述）与动态部分分开（我们开发了两种语义，即同步或异步，以说明我们的方法）。还描述了支持该框架的软件环境。由生物学家开发的该软件可用于快速获取描述系统行为的原型，用于产品仿真和自动进行特性证明。

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