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首页> 外文会议>IEEE International Symposium on Computer Architecture and High Performance Computing >Optimisation of a Molecular Dynamics Simulation of Chromosome Condensation
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Optimisation of a Molecular Dynamics Simulation of Chromosome Condensation

机译：染色体缩合分子动力学模拟的优化

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We present optimisations applied to a bespoke bio-physical molecular dynamics simulation designed to investigate chromosome condensation. Our primary focus is on domain-specific algorithmic improvements to determining short-range interaction forces between particles, as certain qualities of the simulation render traditional methods less effective. We implement tuned versions of the code for both traditional CPU architectures and the modern many-core architecture found in the Intel Xeon Phi coprocessor and compare their effectiveness. We achieve speed-ups starting at a factor of 10 over the original code, facilitating more detailed and larger-scale experiments.
机译：我们目前的优化应用于定制的生物物理分子动力学模拟，旨在研究染色体凝聚。我们的主要重点是确定特定粒子之间的短程相互作用力的特定领域算法的改进，因为某些质量的模拟使传统方法的有效性降低。我们为传统的CPU架构和英特尔至强融核协处理器中的现代多核架构实现了代码的调整版本，并比较了它们的有效性。我们实现的加速比原始代码提高了10倍，从而促进了更详细，更大规模的实验。

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