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Using non-equilibrium simulations to estimate equilibrium binding affinities

机译：使用非均衡模拟来估计平衡结合亲和力

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We demonstrate that non-equilibrium unbinding simulations can be used to accurately estimate equilibrium binding affinities. Utilizing the FKBP protein bound to two different ligands we estimate the absolute binding affinities within less than 1.0 kcal/mol of the experimental values. The methodology is straight-forward, requiring no modification to many modern molecular simulation packages. The approach makes use of a physical pathway, eliminating the need for complicated alchemical decoupling schemes. These results suggest that non-equilibrium simulation could provide a viable means to accurately estimate protein-ligand binding affinities.
机译：我们证明了非平衡的解除矛盾模拟可用于精确估计平衡结合亲和力。利用与两种不同配体结合的FKBP蛋白，我们估计在小于1.0kcal / mol的实验值内的绝对结合亲和力。该方法直接，不需要对许多现代分子模拟包装进行修改。该方法利用物理途径，消除了对复杂的炼金术去耦方案的需求。这些结果表明，非平衡模拟可以提供准确地估计蛋白质配体结合亲和力的可行方法。

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