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首页> 外文会议>ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics >MAKE LOVE, NOT WAR: TOWARDS A COMPREHENSIBLE WORKFLOW FOR THE INTEGRATED ANALYSIS OF TRANSCRIPTOMICS AND PROTEOMICS DATA
【24h】

MAKE LOVE, NOT WAR: TOWARDS A COMPREHENSIBLE WORKFLOW FOR THE INTEGRATED ANALYSIS OF TRANSCRIPTOMICS AND PROTEOMICS DATA

机译：做爱，不是战争：迈向经过转录组和蛋白质组学数据的综合分析的可理解工作流程

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From these preliminary experiments, it can be concluded that SWATH library building benefits from a high degree of proteome coverage achieved by diverse fractionation techniques. In future experiments on this topic, 1D gel fractionation will be used for library building. Moreover, preliminary SWATH analysis between undifferentiated and differentiated hESCs reveals differential proteins also identified using other DIA techniques in our lab. After mRNA transcript (CLC Bio) and protein quantification (Peakview), the LIMMA package in R will be used to unify the statistical analysis. Hereby, up- or down-regulation of both proteins and genes can be monitored and correlated. Finally a topological network analysis (Cytoscape) will be performed to study the link between DNA transcription and protein expression.
机译：从这些初步实验中，可以得出结论，SWATH图书馆建筑物从多种分馏技术所实现的高度蛋白质组覆盖范围内受益。在未来的本主题的实验中，1D凝胶分级将用于图书馆建筑。此外，未分化和分化的HESC之间的初步SWATH分析显示了我们实验室中使用其他DIA技术识别的差异蛋白。在mRNA转录物（CLC BIO）和蛋白质定量（PeakView）后，R中的雷玛包将用于统一统计分析。因此，可以监测和相关的蛋白质和基因的上调或下调。最后，将进行拓扑网络分析（Cytoscape）以研究DNA转录和蛋白质表达之间的链接。

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