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首页> 外文会议>IEEE Symposium on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology >Determination of the Relative Importance of Gene Function or Taxonomic Grouping to Codon Usage Bias Using Cluster Analysis and SVMs
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Determination of the Relative Importance of Gene Function or Taxonomic Grouping to Codon Usage Bias Using Cluster Analysis and SVMs

机译：使用聚类分析和SVM测定基因函数或分类分组对密码子使用偏差的相对重要性

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The codon usage patterns of 2,552 major histocompatibility complex (MHC) sequences from 33 primate species, and the consequent subsets of sequences obtained by removing species with most abundant sequences was observed. The correlation between function and species with regards to MHC codon usage patterns was analyzed using cluster analysis and Support Vector Machines (SVMs). The results show that gene function is the major factor, while species is the minor factor correlated to codon usage bias, but their interactions complicate the codon usage pattern. When the weight of the factor of species increases, the accuracy rate of classification dropped accordingly. The factors of gene function and species can be adopted as feature vectors in the field of gene classification and phylogenetic studies respectively. As the input of codon usage to the classifier is independent of sequence length and variance, our approach is useful when the sequences to be analyzed are of different lengths, a condition where classic homology-based approaches tend to be difficult. To focus on the phylogenetic features of the MHC sequences through codon usage analysis, we must try to minimize or even eliminate the influence of gene function.
机译：观察到来自33个灵长类族的2,552个主要组织相容性复合物（MHC）序列的密码子使用模式，以及通过除去具有大多数序列的物种而获得的随后的序列子集。使用聚类分析和支持向量机（SVM）分析了功能和物种之间的相关性和物种与MHC密码子使用模式的相关性。结果表明，基因功能是主要因素，而物种是与密码子使用偏差相关的次要因素，但它们的交互使密码子使用模式复杂化。当物种因子的重量增加时，分类的精度率相应地降低。基因功能和物种的因素分别可以作为基因分类和系统发育研究领域的特征载体。由于对分类器的密码子使用的输入与序列长度和方差无关，当要分析的序列具有不同的长度时，我们的方法是有用的，这是一种基于经典同源性的方法趋于困难的条件。通过密码子使用分析专注于MHC序列的系统发育特征，必须尽量减少或甚至消除基因功能的影响。

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