食蟹猴ESTs分析以及食蟹猴MHC的定位和序列分析研究

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在不断增长的人类疾病研究和疫苗研制过程中，食蟹猴是一个被广泛应用的临床模型，但已知的食蟹猴基因数据很少，几乎没有。为了更好的了解食蟹猴基因组和基因表达的背景，我们构建了食蟹猴B淋巴细胞cDNA文库，并随机测了一万个克隆，得到8,312条高质量的ESTs，然后将它们拼接成3,728条unigenes。Unigenes中96.8％的序列和NCBI核酸库序列有很高的相似性(e-value≤le-10)，但是仅有64.5％的序列和NCBI非冗余蛋白库序列类似(e-value≤1e-5)。食蟹猴基因和人类基因在分子水平上有很高的相似度，尤其是编码区上，对比结果的巨大的差异说明通过研究这些食蟹猴ESTs数据有利于发现人和黑猩猩中未知蛋白的编码基因，有利于灵长类物种间的遗传分析，能促进人类进化和遗传研究。对蛋白家族和区域的分析结果表明我们的cDNA文库信息能够丰富抗原呈递过程中相关基因的研究背景，能够使我们进一步了解食蟹猴的免疫系统。利用cDNA文库中的注解序列，我们定位了食蟹猴MHC的物理位置，第一次确切的证明食蟹猴MHC位于6号染色体的短臂6p13位置。该位置和人HLA位置6p21.3相近，但是和恒河猴的同源位置6q24差异较大，可能由于长期进化中恒河猴染色体发生了断裂或者着丝粒发生了位移。利用食蟹猴ESTs数据以及相关物种恒河猴，人和黑猩猩的序列设计引物，扩增食蟹猴MHC区域A,B基因的序列，进而研究他们的多态性和复制情况。目前我们只扩增出了A,B基因第3个外显子以后的序列，通过分析这些序列，发现A基因最少有2组差异较大的序列，B基因最少有3组差异性较大的序列，因此说相对与人HLA而言，食蟹猴A,B基因序列的复制现象比较严重。然而要更好更准确的研究食蟹猴MHC基因组序列的特点，应先构建BAC库，拼接成比较完整的食蟹猴MHC基因组序列，进而研究它的多态性和疾病关联性，发挥食蟹猴在临床疾病和医药研究中的最大作用。

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作者
王雪霞;
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作者单位

华南理工大学;

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授予单位华南理工大学;
学科制糖工程
授予学位硕士
导师姓名何小维,王小宁;
年度 2006
页码
总页数
原文格式 PDF
正文语种中文
中图分类群体遗传学;
关键词
食蟹猴; 定位; 基因组序列; 位置; 恒河猴; 文库; 数据; 染色体; 疾病; 黑猩猩; 多态性; 未知蛋白; 疫苗研制; 遗传研究; 遗传分析; 序列设计; 相关基因; 物种; 人类基因; 区域;

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