第1章 前言
1.1 叶绿体基因组研究进展
1.1.1 叶绿体的起源
1.1.2 叶绿体基因组简介
1.1.3 基因组测序方法
1.1.4 叶绿体基因组的应用
1.2 无患子科与掌叶木和伞花木的研究进展
1.2.1 无患子科的系统学研究概况
1.2.2 掌叶木的研究概况
1.2.3 伞花木的研究概况
1.2.4 本课题的研究目的及意义
第2章 研究材料与方法
2.1 材料、试剂与设备
2.1.1 植物材料
2.1.2 实验药品和试剂
2.1.3 仪器设备
2.2 试验方法
2.2.1 植物总DNA的提取
2.2.2 植物叶绿体DNA测序
2.2.3 叶绿体基因组拼接
2.3 基因组生物信息分析方法
2.3.1 基因组的注释与物理图谱的绘制
2.3.2 重复序列与SSR分析
2.3.3 密码子的使用偏性分析
2.3.4 叶绿体基因组差异性分析方法
2.3.5 掌叶木和伞花木系统位置分析
第3章 结果与分析
3.1 掌叶木叶绿体基因组分析
3.1.1 基因的组成
3.1.2 掌叶木重复序列与SSR分析
3.1.3 密码子使用偏性分析
3.2 伞花木叶绿体基因组分析
3.2.1 基因的组成
3.2.2 伞花木重复序列与SSR分析
3.2.3 密码子使用偏性分析
3.3 比较基因组学分析
3.3.1 基本特征分析
3.3.2 叶绿体基因组全序列比对
3.3.3 遗传距离
3.3.4 IR区边界比较分析
3.4 掌叶木和伞花木的系统位置分析
3.4.1 基于全长序列重建系统树
3.4.2 基于大单拷贝区序列重建系统树
3.4.3 基于小单拷贝区序列重建系统树
3.4.4 基于反向重复区重建系统树
3.4.5 基于编码区序列重建系统树
3.4.6 不同数据集构建系统树的比较和分析
3.5 本章小结
第4章 总结与展望
4.1 总结
4.2 展望
参考文献
致谢
附录
在校期间参与科研项目和发表的论文
一、参加科研项目
二、发表论文
声明
