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A-FABP基因多态性与鸡生长和体组成性状的关联研究

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Contents

1 引言

1.1 研究背景与科学意义

1.2 国内外研究进展

1.2.1 QTL的检测方法

1.2.2 候选基因的SNPs检测方法

1.2.3 A-FABP基因的结构与功能

1.3 本研究的目标、内容和方案

1.3.1 研究目标

1.3.2 研究内容

1.3.3 研究方案

2 材料与方法

2.1 实验材料

2.2 实验方法

3 结果与分析

3.1 SNPs发现及命名

3.2 候选基因多态性在不同群体中的检测及分析

3.2.1 A-FABP基因多态位点在肉鸡高、低脂双向选择品系中的检测及分析

3.2.2 A-FABP基因多态位点在NEAU-F2群体中的检测及分析

3.2.3 A-FABP基因多态位点在AA肉鸡随机群体中的检测及分析

4 讨论

4.1 鸡A-FABP基因多态性位点基因频率分析

4.2 鸡A-FABP基因多态性位点连锁不平衡（LD）分析

4.3 鸡A-FABP基因多态性与生长和体组成性状的关系

4.3.1 鸡A-FABP基因的多态性检测和单倍型构建

4.3.2 鸡A-FABP基因多态性与生长和体组成性状的关系

4.3.3 鸡A-FABP基因单倍型与生长和体组成性状的关系

5 结论

展 望

致 谢

参考文献

附 录

攻读硕士学位期间发表的学术论文

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摘要

A-FABP（Adipocyte fatty acid binding protein，也称aP2）即脂肪型脂肪酸结合蛋白是脂肪酸结合蛋白家族（FABPs）之一，该家族还包括心脏型（H-）、脑型（B-）、髓磷脂型（M-）、表皮型（E-）、回肠型（IL-）、肝脏型（L-）、睾丸型（T-）、小肠型（I-）脂肪酸结合蛋白。FABPs被认为是运输细胞内脂肪酸非常重要的蛋白，它们可以增加脂肪酸的溶解性并将脂肪酸从脂膜运输到脂肪酸氧化的位置（线粒体，过氧化物酶体）、脂肪酸脂化成甘油三酯或磷脂的位置，或者进入细胞核内发挥其可能的调控功能。FABPs在脂质代谢的调节上起到了重要的作用。
　　 国内外学者对鸡A-FABP基因外显子或内含子区进行了少数变异位点的多态性研究，结果表明在一些品种中变异位点对腹脂性状有显著的影响。本研究将进行多位点检测，并且在检测外显子同时，将检测区域扩展到5’-调控区及3'-调控区，以期对A-FABP基因进行全面研究。选用肉鸡高、低脂双向选择品系第十世代鸡群、东北农业大学F2资源群体、AA肉鸡随机群体为试验材料，采用测序、PCR.RFLP、PCR-L、DHPLC的方法进行基因多态性检测和个体基因型分析，通过各多态位点间的连锁不平衡分析选择标签SNP并构建单倍型，进而利用单位点不同基因型和不同单倍型分别与鸡生长和体组成性状进行关联分析，旨在探A-FABP基因多态性对鸡生长和体组成性状的影响。主要研究结果如下：
　　 （1）以东北农业大学肉鸡高、低脂双向选择品系第十世代鸡群为试验材料，通过测序、PCR-RFLP、PCR-LP、DHPLC的方法在A-FABP基因上共检测到8个突变位点，其中5’-调控区检测到5个突变位点，分别是g.-1376 G>A、g.-1117 C>T、g.-972_-963 del10、g.-846_-845 ins22、g.-415_-409 del7；外显子1、外显子3及3’-调控区各检测到1个突变位点，分别是g.51 C>T、g.1729 G>A、g.3163 T>C。连锁不平衡分析表明，g.-1376 G>A、g.-1117 C>T、g.-972_-963 del10、g.-846_-845 ins22处于强连锁状态，位于一个单倍型块中，g.-415_-409 del7与g.51 C>T、g.1729 G>A处于第二个单倍型块中。g.-1376G>A、g.-1117C>T、g.-972_-963 del10、g.-415_-409del7、g.3163T>C为标签SNPs。以NEAU-F2资源群体为试验材料，进行连锁不平衡分析，发现g.-972_-963 del10、g.-846_-845 ins22、g.51 C>T、g.1729 G>A处于强连锁状态，位于一个单倍型块中。g.-846_-845 ins22、g.1729 G>A为标签SNPs。
　　 （2）以东北农业大学肉鸡高、低脂双向选择品系第十世代鸡群为试验材料，对A-FABP基因的8个突变位点（g.-1376 G>A、g.-1117 C>T、g.-972_-963 del10、g.-846_-845 ins22、g.-415_-409 del7、g.51 C>T、g.1729 G>A、g.3163 T>c）进行基因型检测。将产生的不同基因型在高、低脂系第十世代鸡群进行基因型频率分析及等位基因频率分析，并对等位基因频率进行卡方独立性检验（x2）。结果表明，基因型频率在高脂系和低脂系中分布差异很大，尤其是g.-415_-409 del7位点，仅有9个Ⅱ基因型。等位基因频率分析表明除g.-1117 C>T、g.-972_-963del10外，其它6个多态位点等位基因频率在十世代两系间存在极显著差异（P<0.01）。
　　 （3）以东北农业大学肉鸡高、低脂双向选择品系第十世代鸡群为试验材料，进行8个单位点及4种单倍型与鸡生长和体组成性状的相关分析。两方面结果表明不同基因型和单倍型对肌胃重、肌胃率有显著影响；以NEAU-F2资源群体为试验材料，进行4个单位点及4种单倍型与鸡生长和体组成性状的相关分析，结果表明不同基因型和单倍型对鸡6周龄体重、12周跖长、脾脏比率、肌胃重、肌胃比率、跖爪重有显著影响（P<0，05），对龙骨长、股骨长、小胸肌重、小胸肌率有极显著影响（P<0.01）。以AA肉鸡随机群体为试验材料，进行2个单位点与鸡生长和体组成性状的相关分析，结果表明g.-972_-963 del10异位点不同基因型对所有性状均无显著影响（P>0.05）：g.-846_-845 ins22变异位点不同基因型对鸡5周龄体重、脾脏重有显著影响（p<0.05），对其它性状均无显著影响（P>0.05）。

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