蛋白质-RNA基于氨基酸序列的无序性和磷酸化分析及亲和力常数数据集的构建

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无序蛋白质是一种新型蛋白质，在天然状态并不具有稳定的三维结构，但是仍具有生物活性，这是对传统蛋白质“序列－结构－功能”范式的挑战。在天然条件下，无序蛋白质是多种构象共存、不断实现动态变化的系综，这种结构特征使得无序蛋白质在细胞信号传导、分子识别等各种生命活动中扮演重要角色。深入研究无序蛋白质，将促进人们更好地认识对蛋白质结构与功能之间的关系。
　　尽管在蛋白质-蛋白质、蛋白质-DNA相互作用中，采用生物信息学方法，对蛋白质的无序性与功能之间的关联性研究越来越多，但是在蛋白质-RNA相互作用中仍然相对很少。在这里，开展了这方面的研究，主要工作分为两个部分。第一部分是对人类基因组中RNA结合蛋白质的无序性及无序性与磷酸化位点的相关性进行分析。结果显示RNA结合蛋白质中的无序残基含量更高，具有更多的无序尾端，并且RNA结合蛋白质中的57.52％磷酸化位点位于无序残基上，跟DNA结合蛋白质相近，高于非RNA结合蛋白质。第二部分是研究PDB数据库中具有磷酸化位点信息的RNA结合蛋白质的无序性、磷酸化作用对蛋白质-RNA结合的影响。结果表明RNA结合蛋白质上的无序残基趋向位于蛋白质-RNA结合界面之外的区域，磷酸化位点趋向位于结合界面上，但在该数据集中磷酸化位点与无序位点并不具有相关性。
　　最后，为了更好的研究蛋白质-RNA相互作用，还构建了一个基于结构的蛋白质-RNA亲和力常数数据集，并用于蛋白质-RNA对接打分函数的评估。这一数据集将有利于促进蛋白质-RNA对接和结合机制的研究。

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作者
阳秀凤;
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作者单位

华中科技大学;

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授予单位华中科技大学;
学科理论物理
授予学位硕士
导师姓名刘士勇;
年度 2014
页码
总页数
原文格式 PDF
正文语种中文
中图分类蛋白质的二级结构;
关键词
蛋白质; 核糖核酸; 氨基酸序列; 无序性分析; 磷酸化位点; 亲和力常数数据集;

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