声明
摘要
缩略词表
1．1 课题的提出
1．2 谱系地理学研究内容和进展
1．2．1 谱系地理学概述
1．2．2 谱系地理学研究进展
1．2．3 谱系地理学研究主要内容
1．2．4 分子标记与基因序列在植物谱系地理学的应用
1．3 系统发育学研究进展
1．3．1 系统发育学概述
1．3．2 系统发育基因组学分析方法及应用
1．3．3 系统发育学基因序列选择
1．3．4 系统发育基因组学潜在问题
1．4 柑橘亚科植物起源、遗传多样性与系统进化研究
1．4．1 柑橘亚科植物分类进展
1．4．2 柑橘属植物地理起源、栽培与传播历史
1．4．3 柑橘属主要野生柑橘及杂种柑橘的起源研究
1．4．4 柑橘属植物遗传多样性研究进展
1．5 本研究目的与内容
第二章 枸橼类植物遗传多样性及系统进化分析
1．引言
2．材料与方法
2．1 植物材料
2．2 DNA提取、nSSR扩增与银染检测
2．3 叶绿体基因PCR扩增及测序
2．5 cpDNA序列分析和系统树的构建
3．结果与分析
3．1 基于nSSR标记枸橼类植物遗传多样性分析
3．2 基于nSSR数据枸橼类植物系统进化与主成分分析
3．3 枸橼类植物群体群体结构分析
3．4 叶绿体基因编码区、非编码区基因序列特征与系统进化分析
4．讨论
4．1 枸橼类植物遗传多样性与群体结构
4．2 枸橼类柑橘杂交品种的起源探讨
第三章 宜昌橙群体遗传结构与物种演化历史研究
1．引言
2．材料与方法
2．1 植物材料
2．2 DNA提取、cpSSR、nSSR、单拷贝核基因扩增与检测
2．3 nSSR与cpSSR数据统计与分析
2．4 单拷贝核基因遗传多样性分析及中性检测
2．5 宜昌橙谱系地理结构与系统进化分析
2．6 基因漂流、Islolation-By-Distance(roD)以及瓶颈效应分析
2．7 种群动态历史模拟
3．结果与分析
3．1 叶绿体单体型多样性、群体结构及单体型分布
3．2 宜昌橙核基因遗传多样性与群体结构分析
3．3 单拷贝核基因多样性、中性选择及单体型分析
3．4 种群地区间基因流及群体空间结构分析
3．5 宜昌橙群体演化与系统进化分析
3．6 宜昌橙与柑橘属植物系统进化分析
4．讨论
4．1 宜昌橙遗传多样性与群体结构
4．2 宜昌橙群体演化历史
第四章 柑橘亚科植物系统发育基因组学研究
1．引言
2．材料与方法
2．1 DNA提取与全基因组重测序
2．2 重测序原始数据处理
2．3 序列比对与SNP质量控制
2．4 柑橘亚科共有单拷贝核基因鉴定
2．5 系统进化数据集构建及序列比对
2．6 检测基因序列一致性、饱和度及偏差效应
2．7 序列分组与不分组条件下最优进化模型搜索
2．8 系统发育分析
2．9 物种树联合(Coalescent)估算分析
2．10 物种分子钟估算
3．结果
3．1 核基因组单拷贝基因鉴定
3．2 数据集及模型
3．3 叶绿体基因组系统发育分析
3．4 核基因组系统发育分析
3．5 核基因组序列联合推导物种树
3．6 柑橘亚科植物分歧时间计算
4 讨论
4．1 辣蜜柑橘亚族、胶柑亚族与柑橘亚族植物系统分类
4．2 真正柑橘组檀物系统进化与杂种柑橘起源
4．3 柑橘亚科植物起源与分化
4．4 柑橘属柠檬的起源与传播
第五章 总结与展望
参考文献
附录
致谢
