甜瓜转录因子全基因组预测及ARF转录因子家族分析

声明

摘要

缩略词表

1．前言

1．1 课题的提出

1．2 国内外研究进展

1．2．1 转录因子

1．2．2 与逆境相关的转录因子家族

1．2．3 ARF转录因子家族

1．2．4 内参基因

1．3 研究的目的和内容

1．3．1 研究的目的

1．3．2 研究的内容

2．材料与方法

2．1 甜瓜转录因子的预测

2．1．1 转录因子家族鉴定标准

2．1．2 转录因子基因家族隐马尔科夫模型的获得和构建

2．1．3 甜瓜转录因子家族基因预测

2．2 甜瓜ARF转录因子家族特征分析

2．3 甜瓜内参基因的筛选

2．3．1 植物材料及生长环境

2．3．2 实验处理

2．3．3 候选内参基因选择

2．3．4 基因序列获得

2．3．5 引物设计

2．3．6 数据分析

2．4 ARF转录因子甜瓜果实发育过程中的表达分析

2．4．1 植物材料与生长环境

2．4．2 实验处理

2．5 RNA的提取与eDNA第一条链的合成

2．5．1 根系、叶片中RNA的提取

2．5．2 果实中RNA的提取

2．5．3 RNA质量检测

2．5．4 cDNA第一条链的合成

2．7 实时定量PCR分析

2．8 数据处理

3．结果与分析

3．1 甜瓜全基因组转录因子家族预测

3．2 甜瓜ARF遗传因子家族特征分析

3．2．1 甜瓜ARF转录因子家族成员

3．2．2 甜瓜ARF基因结构分析

3．2．3 甜瓜ARF转录因子蛋白的保守序列分析

3．2．4 甜瓜ARF转录因子蛋白的系统进化分析

3．2．5 ARF转录因子与甜瓜Unigenes的比对分析

3．3 甜瓜内参基因的筛选

3．3．1 甜瓜内参基因的筛选

3．3．2 甜瓜内参基因引物特异性鉴定

3．3．3 引物扩增效率和标准曲线绘制

3．3．4 内参基因表达稳定性分析

3．4 甜瓜ARF转录因子家族在果实发育中的表达分析

3．4．1 甜瓜ARF转录因子家族基因表达分析

4 讨论

4．1 甜瓜转录因子家族预测

4．2 甜瓜内参基因的筛选

4．3 ARF转录因子家族分析

参考文献

致谢