声明
摘要
第一章绪论
1．1肿瘤概述
1．1．1血管新生与肿瘤的形成
1．1．2肿瘤血管生成的意义
1．1．3肿瘤血管生成的机制
1．1．4抗血管生成治疗药物
1．2蛋白和核酸
1．2．1 DNA／RNA结合蛋白的功能与分类
1．3分子动力学模拟基本介绍
1．3．1分子动力学概述
1．3．2分子力学应用领域
1．3．3分子力场
1．3．4分子动力学的算法
1．3．5分子动力学模拟系综
1．4结合自由能计算重要性
1．5论文的总体安排
第二章分子动力学模拟和结合自由能计算在VEGFR2蛋白体系中的应用
2．1研究背景及意义
2．2．方法和材料
2．2．1体系建模
2．2．2分子对接
2．2．3 MD模拟
2．2．4主成分分析
2．2．5结合自由能计算及残基自由能分解
2．5．2伞取样动力学模拟
2．3．结果与讨论
2．3．1伞取样和实验测定的结合动力学比较
2．3．2不同抑制剂对蛋白稳定性的影响
2．3．3不同抑制剂对蛋白稳定性的影响
2．3．4抑制剂引起的VEGFR2内部动力学的变化
2．3．5结合自由能分析
2．3．6结构亲和性关系分析
2．4本章小结
第三章分子动力学模拟和结合自由能计算在RNA结合蛋白体系中的应用
3．1研究背景
3．2材料与方法
3．2．1结构准备
3．2．2 MD模拟
3．3．3结合自由能计算
3．3结果与讨论
3．3．1水分子作用
3．3．2模拟时长
3．3．3力场的影响
3．3．4不同计算结合自由能方法的影P向I(MM-GBSA／SIE)
3．3．5 MM-GBSA方法中溶剂模型对结合自由能计算的影响
3．4本章小结
第四章总结与展望
参考文献
附录
致谢
