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北京油鸡喙畸形性状候选基因的转录水平研究及SNPs分析

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摘要

地方鸡种中鸡喙存在一定的畸形现象，主要表现为上下喙错位、咬合不全，呈交叉状态。喙畸形发生率在0.5％-2.5％左右，影响鸡的采食和饮水质量，继而影响它们的生长发育和生产性能，从而造成一定的经济损失。本研究在前期北京油鸡鸡喙组织DGE试验结果的基础上，选择BMP4、CK19、Claw keratin-like、LPL、ALDH7A1和GLA6个候选基因进行转录水平的研究以及SNPs分析，分析候选基因在畸形与正常喙间的表达差异以及候选基因的遗传多态性与北京油鸡喙畸形性状之间的关系，旨在为鸡喙畸形性状相关候选基因的筛选及分子遗传机制的研究提供理论基础和科学依据，为分子标记辅助育种提供参考。
　　本研究选择56日龄喙畸形及其正常同胞北京油鸡各9只作为试验材料，采集并分离出上下喙组织，采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)方法从定量水平上探讨候选基因在畸形与正常鸡喙组织中mRNA表达量的差异。同时，于56日龄挑选出喙畸形及其正常同胞北京油鸡各18只，通过直接测序的方法检测候选基因的启动子、5'UTR、3'UTR、外显子及内含子的单核苷酸多态性，并进行基因型的分型，分析比较喙畸形与正常鸡基因型频率之间的差异。研究结果如下:
　　试验一:采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)方法检测候选基因在畸形与正常鸡喙组织中的相对表达量。研究发现，BMP4、Claw keratin-like和LPL3个候选基因在畸形喙中mRNA的表达量显著高于正常喙(P＜0.05);而CK19、ALDH7A1和GLA3个候选基因在正常喙中mRNA的表达量显著高于畸形喙(P＜0.05)。本研究结果与前期DGE试验相一致，说明前期筛选的结果具有较高的可靠性和准确性，同时也进一步说明候选基因可能对北京油鸡喙畸形性状具有一定的调控作用。
　　试验二:采用直接测序的方法检测候选基因的单核苷酸多态性，共筛选出45个SNPs位点，分析比较每个突变位点喙畸形与正常北京油鸡基因型频率之间的差异。研究发现，在CK19基因启动子区域的G-272A位点处，喙畸形鸡未发生突变，其与正常鸡的基因型频率差异显著(P＜0.05);在ALDH7A1基因内含子7区域的A7816T位点处，正常鸡未发生突变，其与喙畸形鸡的基因型频率差异极显著(P＜0.01);在GLA基因外显子7区域的C4815T位点处，喙畸形鸡未发生突变，其与正常鸡的基因型频率差异显著(P＜0.05)，而在该基因内含子6区域的A4552C位点处，喙畸形与正常鸡均发生突变，两者的基因型频率差异极显著(P＜0.01)。其余突变位点喙畸形与正常鸡基因型频率差异均不显著（P＞0.05）。
　　结合试验一和试验二的结果，CK19、ALDH7A1和GLA3个候选基因在畸形与正常鸡喙组织中的表达量差异显著，同时存在基因型频率差异显著位点。因此，我们初步认为，这3个候选基因可能对喙畸形的形成起到关键的作用，可以作为重要的候选基因进行喙畸形性状分子遗传机制的研究。

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