酵母核小体定位的理论预测及核小体体外组装的初步研究

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第一章 绪论

1.1 引言

1.2 研究背景

1.2.1 核小体及核小体定位

1.2.2 核小体定位与基因表达调控

1.2.3 基因组上核小体定位的实验图谱

1.2.4 核小体定位的理论研究

1.2.5 酵母自主复制序列

1.2.6 核小体定位对自主复制序列ARS活性的影响

1.3 论文结构

第二章 理论方法

2.1 多样性与多样性增量

2.2 二次判别分析

2.3 支持向量机

2.4 预测算法的评价及检验

2.5 Pearson相关分析

第三章 核小体核心DNA和连接DNA序列的分类预测

3.1 引言

3.2 数据集

3.2.1 基因组数据的来源与提取

3.2.2 酵母核小体定位信息数据集的建立

3.3 特征值的选取

3.4 结果与讨论

3.4.1 ID-SVM算法分类预测酵母核小体核心DNA和连接DNA序列

3.4.2 ID-SVM算法分类预测果蝇和人类核小体核心和连接DNA序列

3.4.3 ID-SVM算法预测酵母核小体在基因组上的位置

3.5 小结

第四章 酵母核小体定位的全基因组预测

4.1 引言

4.2 数据集

4.3 特征值的选取

4.4 结果与讨论

4.4.1 IDQD算法分类预测酵母核小体核心DNA和连接DNA序列

4.4.2 IDQD算法预测酵母核小体在基因组上的位置

4.4.3 改进后的IDQD模型预测酵母核小体在基凶组上的位置

4.4.4 改进后的IDQD模型预测酵母功能区的核小体占据

4.5 小结

第五章 实验方法

5.1 酵母基因组的提取及检测

5.2 ARS304及两侧序列的PCR扩增及纯化

5.2.1 引物设计

5.2.2 PCR体系及反应条件

5.3 pRS405-ARS重组质粒的构建

5.3.1 载体的选择

5.3.2 连接反应

5.3.3 重组子的转化

5.3.4 重组子的筛选与鉴定

5.4 酵母组蛋白的提取

5.4.1 组蛋白的提取方法

5.4.2 组蛋白的检测

第六章 pRS405-ARS重组质粒的构建

6.1 引言

6.2 材料与方法

6.2.1 实验材料

6.2.2 实验方法

6.3 结果与讨论

6.3.1 酵母基因组的提取

6.3.2 ARS304及两侧序列的PCR扩增

6.3.3 重组质粒pRS405-ARS304的PCR鉴定

6.3.4 重组质粒pRS405-ARS304的酶切鉴定

第七章 酵母组蛋白的提取

7.1 引言

7.2 材料与方法

7.2.1 实验材料

7.2.2 实验办法

7.3 结果与讨论

7.3.1 组蛋白的SDS-PAGE检测

7.3.2 组蛋白浓度的测定

第八章 总结和展望

8.1 工作总结

8.2 工作展望

参考文献

附录

致谢

作者攻读博士学位期间发表和完成的论文目录