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摘要
第一章 绪论
1．1 煤污病及其致病菌
1．1．1 煤污病概述
1．1．2 苹果煤污病
1．2 植物病原真菌
1．2．1 植物病原真菌的寄生方式
1．2．2 植物病原真菌的侵染策略
1．2．3 植物致病真菌的起源与演化
1．3 真菌基因组学研究
1．3．1 真菌全基因组测序的发展
1．3．2 基因组测序技术
1．3．3 比较基因组学和植物病原真菌
1．4 真菌致病性相关的基因家族
1．4．1 植物细胞壁降解酶
1．4．2 次级代谢产物合成酶
1．4．3 膜转运蛋白
1．4．4 分泌肽酶和效应蛋白
1．5 本研究的目的和意义
第二章 果生月盾霉基因组学：从侵略性植物致病菌到外寄生菌
2．1 引言
2．2 材料和方法
2．2．1 供试菌株
2．2．2 田间接种
2．2．3 DNA和RNA提取
2．2．4 基因组测序及组装
2．2．5 基因组重复序列分析
2．2．6 基因结构预测与注释
2．2．7 多基因家族和系统发育分析
2．2．8 碳水化合物活性酶和植物细胞壁降解酶
2．2．9 分泌组、分泌肽酶和小分泌蛋白
2．2．10 次级代谢产物合成酶编码基因
2．2．11 果生月盾霉在苹果果实表面的显微镜检测
2．2．12 cDNA文库构建和测序
2．2．13 转录组数据分析
2．3 结果与讨论
2．3．1 果生月盾霉的基因组测序、拼接及主要特征
2．3．2 果生月盾霉的转录组分析
2．3．3 系统发育分析和基因家族鉴定
2．3．4 分泌肽酶和候选效应蛋白的显著性缺失
2．3．5 植物细胞壁降解酶的缺失
2．3．6 弱化的次级代谢和有效的黑色素生物合成
2．3．7 果生月盾霉在苹果果实上的定殖策略
2．3．8 煤污病病原真菌的演化模式
2．4 结论
第三章 煤污病菌比较基因组和基因组进化分析
3．1 引言
3．2 材料和方法
3．2．1 真菌菌株和DNA制备
3．2．2 基因组测序和拼装
3．2．3 基因结构预测与注释
3．2．4 基因组共线性分析
3．2．5 重复序列和重复诱导点突变分析
3．2．6 特定类别基因的注释
3．2．7 多基因家族和系统发育分析
3．2．8 物种特异性HGT候选基因的鉴定
3．3 结果与分析
3．3．1 基因组测序、拼接及主要特征
3．3．2 基因家族和系统发育分析
3．3．3 煤污病菌致病相关基因的匮乏
3．3．4 基因家族的演化
3．3．5 基因的转移水平
3．3．6 重复诱导点突变
3．4 讨论
第四章 全文总结
4．1 研究结果
4．2 论文创新点
参考文献
致谢
作者简介
