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刺参(Apostichopusjaponicus)重要经济性状遗传力估计及高密度遗传连锁图谱的构建

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引言

第一章 文献综述

1.数量遗传学在水生经济物种育种进程中的应用

2.刺参遗传育种研究进展

3.研究的目的及意义

第二章刺参(Apostichopus japonicus)9月龄重要经济性状遗传力的估计

1.材料和方法

2.结果与分析

3.讨论

第三章刺参家系生长抗逆性能比较及家系筛选

1.材料与方法

2.结果与分析

3.讨论

第四章 刺参遗传连锁图谱的构建及生长抗逆性状QTL定位

1.材料与方法

2.结果与分析

3.讨论

第五章 小结

1.主要结论

2.研究展望

参考文献

附录

致谢

硕士期间学术成果

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摘要

刺参在我国海水经济物种养殖中占有十分重要的地位,刺参养殖为提高我国渔业经济产量、提升渔民经济效益做出了重要贡献。近些年来,刺参养殖规模逐年扩增,但养殖过程中却出现病害频发、苗种出现生长缓慢、抗逆能力弱的现象,刺参种质退化严重。开展良种选育,培育优质、抗逆刺参新品系是解决以上问题的重要途径。解析数量性状的遗传参数,筛选性状相关分子标记是进行遗传选育的重要基础性研究,本论文以所构建的刺参家系为基础材料,完成了不同家系生长和抗逆性能评价,开展了刺参大规格(9月龄)苗种重要性状的遗传力评估,并完成了高密度遗传连锁图谱构建和重要性状QTL定位分析,以期为后期良种选育提供基础数据。本文主要研究结果如下: 1.刺参重要经济性状遗传力估计 以课题组前期收集保存的刺参群体为亲本,构建了23个刺参全同胞家系,应用数量遗传学分析和全同胞组内相关法估计刺参9月龄体长、体重和棘刺总数这3个生长性状的遗传力。结果表明,9月龄刺参体长雌性组分遗传力的估计值为0.87,雄性组分遗传力估计值为0.85,全同胞组分遗传力估计值为0.86;刺参体重雌性组分遗传力估计值为0.20,雄性组分遗传力估计值为0.73,全同胞组分遗传力估计值为0.46;棘刺总数雌性遗传力估计值为0.43,雄性组分遗传力估计值为0.32,全同胞组分遗传力估计值为0.37。t检验结果表明:体长、体重的雄性组分遗传力达到显著水平(p<0.05),全同胞组分遗传力均达到极显著水平(p<0.01),棘刺总数的遗传力均未达到显著水平。 2.刺参家系生长抗逆性能评价及优良家系筛选 以所构建的23个刺参全同胞家系为实验对象,对每个家系的生长(体长、体重)及抗逆性状(耐高温、耐低盐以及抗细菌浸染能力)进行评价,结果显示,在生长速度方面,9月龄不同家系体长分布范围为(1.95±0.18)~(6.67±0.21) cm,9月龄平均体重(4.75±0.19)g,D2家系平均体重为(12.10±1.17)g,B4家系9月龄平均体重为(1.95±0.18)g,体重差异达6.3倍,体重最重的前五个家系为D2、E5、C1、E2和C3;在抗逆性能表现方面,在升温温度胁迫处理30d后,E2家系存活率最高,为(46.67±3.33)%,A5家系全部死亡,平均存活率为(19.71±1.98)%,不同家系存活率差异达46%,其中家系E2、B4家系存活率最高,分别为(46.67±3.33)%和(41.67±5.00)%;在盐度为13的低盐胁迫下,不同刺参家系存活率范围为(23.33±3.33)%~(63.33±6.67),其中家系A4、A5存活率较高,均超过60%,分别为(63.33±6.67)%和(63.33±0.00)%;盐度14实验组刺参家系存活率范围为(55.00±1.67)%~(81.67±1.67)%,其中家系D5、D1存活率高于80%;在浓度为1×107CFU/mL的灿烂弧菌人工感染条件下,D3家系存活率最低为6.67±6.67%,D4家系的存活率最高为81.67±1.67%,不同家系存活率差异最高达75.00%。以体长、体重、高温胁迫存活率、低盐胁迫存活率、细菌侵染后存活率为指标,通过系统聚类组间联接法对所建立的23个家系生长抗逆性能进行进行聚类分析,23个家系分为5个不同分支组合,综合生长及抗逆性能,最终选择组合2中7个家系(A3、B5、C1、D1、D2、D4、D5)作为优良家系,可进行下一步良种培育。 3.刺参高密度遗传连锁图谱构建及重要性状QTL定位分析 以所构建的具有中度抗病力的B2家系的2个亲本及142个子代为作图群体,借助高通量测序平台,开发SLAF标记,利用HighMap软件构建了刺参高密度遗传连锁图谱。高通量测序后,本项目共开发264,810个 SLAF标签,其中多态性的 SLAF标签112,322个。SLAF标签亲本平均测序深度为23.67×,子代平均测序深度为5.44×。通经过生物信息学分析,可以用于遗传图谱构建的标签有50,905个,经过质量过滤后,得到测序深度、完整度高且没有偏分离的多态性标签4629个。利用HighMap软件对这些标签进行连锁分析后,共得到23个连锁群,上图标记共4,002个,总图距3,223.84cM,上图率为86.45%,平均图距0.92cM。结合23个连锁群的图谱和分型数据,对体长、体宽、体重、棘刺总数、抗灿烂弧菌浸染能力5个性状进行数量性状关联分析。采用软件 MapQTL5的Internal Mapping方法进行QTL分析。结果显示,在5个连锁(LG7、LG8、LG12、LG19和LG22)上共存在9个与性状关联区域,共含有81个标记。其中体长性状相关的QTL区域共1个,共1个SNP位点,该位点对体长的表型贡献率为14.3%;体宽性状相关的QTL区域2个,共8个SNP位点,这些位点对体宽表型的贡献率范围为9.7%~11.2%;体重性状相关的QTL区域2个,共12个SNP位点,这些位点对体重表型的贡献率范围为11.1%~11.8%;棘刺总数性状相关的QTL区域2个,共5个SNP位点,这些位点对棘刺总数表型的贡献率分别达到16.8%~22.2%;抗灿烂弧菌性状相关的QTL区域2个,共55个SNP位点,这些位点对抗灿烂弧菌表型的贡献率分别达到9.3%~74.6%。

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