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摘要
第一章 文献综述
1．1 假单胞菌
1．1．1 假单胞菌简介
1．1．2 生防假单胞菌
1．2 铜绿假单胞菌简介
1．3 铜绿假单胞菌基因组研究进展
1．3．1 铜绿假单胞菌基因组结构特点
1．3．2 铜绿假单胞菌的已测序基因组信息
1．3．3 铜绿假单胞菌附加基因组的功能
1．3．4 铜绿假单胞菌附加基因组的分类
1．4 铜绿假单胞菌转录组研究
1．4．1 转录组概述
1．4．2 铜绿假单胞菌转录组研究进展
1．5 下一代测序技术—基因组与转录组研究新方法
1．5．1 合成测序法
1．5．2 单分子测序
1．5．3 展望
1．6 细菌中的限制修饰系统
1．6．1 限制性修饰系统简介
1．6．2 可移动的限制修饰系统
1．7 本课题研究目的、内容及意义
第二章 根际来源铜绿假单胞菌M18全基因组测序与分析
2．1 引言
2．2 材料与方法
2．2．1 菌株和培养条件
2．2．2 病原真菌生长抑制
2．2．3 基因组测序方法
2．2．4 基因组注释
2．2．5 基因组比较
2．2．6 进化树分析
2．2．7 基因组岛的鉴定
2．3 结果与讨论
2．3．1 M18菌株优良生防特性
2．3．2 M18菌株全基因组测序和注释
2．3．3 M18菌株基因组特点
2．3．4 M18菌株比较基因组分析
2．3．5 基因组岛和原噬菌体
2．3．6 插入序列和规律成簇的间隔短回文重复序列
2．3．7 生防相关基因簇和产物
2．4 小结
第三章 铜绿假单胞菌株M18和LESB58的致病性和耐药性比较分析
3．1 引言
3．2 材料与方法
3．2．1 菌株和培养条件
3．2．2 致病基因和耐药性基因比较
3．2．3 生物膜形成试验
3．2．4 小鼠肺部急性感染清除
3．3．5 抗菌素最低抑制浓度测定
3．3 结果与讨论
3．3．1 菌株M18和LESB58致病相关基因比较分析
3．3．2 菌株M18和LESB58的生物膜形成能力和急性小鼠肺部感染清除能力比较分析
3．3．3 菌株M18和LESB58的耐药性相关基因比较分析
3．3．4 菌株M18和LESB58的抗菌素抗性谱比较分析
3．4 小结
第四章 根际和人体分离铜绿假单胞菌株的温控转录组比较分析
4．1 引言
4．2 材料与方法
4．2．1 菌株与培养条件
4．2．2 总RNA的纯化
4．2．3 cDNA第一链和第二链一步法合成
4．2．4 aaUTP标记cRNA合成
4．2．5 cRNA纯化
4．2．6 cRNA浓度测定
4．2．7 cRNA样品荧光标记
4．2．8 荧光标记cRNA样品纯化
4．2．9 cRNA样品片段化和芯片杂交
4．2．11 芯片洗涤和扫描
4．2．12 数据分析
4．2．13 荧光定量反转录PCR
4．2．14 基因组比较分析
4．3 结果与讨论
4．3．1 铜绿假单胞菌株M18和PAO1基因组比较分析
4．3．2 铜绿假单胞菌株M18和PAO1温控转录组总体比较分析
4．3．3 菌株特异调控基因的COG分类
4．3．4 28℃条件下特异性上调的基因
4．3．5 37℃条件下特异性调控的基因
4．3．6 QRT-PCR验证芯片结果
4．4 小结
第五章 铜绿假单胞菌M18中菌株特异性限制修饰基因组岛功能研究
5．1 引言
5．2 材料与方法
5．2．1 菌株和培养条件
5．2．2 基因组比较分析
5．2．3 基因组岛的环切出染色体验证试验
5．2．4 基因组岛限制基因的敲除
5．2．5 质粒转化铜绿假单胞菌试验
5．2．6 大肠杆菌与铜绿假单胞菌质粒接合试验
5．3 结果与讨论
5．3．1 铜绿假单胞菌株M18和LESB58附加基因组比较分析
5．3．2 铜绿假单胞菌株M18基因组岛限制修饰系统序列分析
5．3．3 M18限制修饰基因组岛可移动能力分析
5．3．4 M18菌株RM系统限制酶基因突变株构建
5．3．5 M18菌株RM系统中限制酶基因影响外源质粒转化
5．3．6 M18菌株RM系统中限制酶基因影响外源质粒接合
5．4 小结
总结与展望
创新点
参考文献
附录Ⅰ 符号中英文注释
附录Ⅱ 实验所使用的主要仪器及设备
附录Ⅲ 铜绿假单胞菌M18菌株特异性基因
附录Ⅳ 温控转录组详细结果
致谢
攻读博士学位期间(待)发表的学术论文及奖励
