水稻重组自交系的基因型鉴定及栽培稻和药用野生稻基因组序列比较分析

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第一章 利用高通量测序方法进行水稻重组自交系的基因型分析

一、引言

二、材料

1.测序材料

2.仪器设备

3.引物试剂

三、方法

1.重组自交系群体的构建

2.基因组DNA的抽提

3.高通量测序方法

四、实验结果

1.实验设计

2.重组自交系的序列测定和SNP鉴定

3.重组自交系个体的基因型鉴定

4.染色体重组断点的确定

5.基因型鉴定时的错误率分析

6.遗传重组图的构建及QTL分析

五、讨论

1.实验部分

2.结果分析部分

3.高通量测序的展望

第二章 水稻AA和CC基因组两个共线性区段的序列比较分析

一、引言

二、材料

1.实验材料

2.仪器设备

三、方法

1.BAC末端序列的测定

2.克隆重叠群的鉴定

3.BAC克隆序列的测定与组装

4.序列注释与分析

四、实验结果

1.末端序列分析

2.药用野生稻和栽培稻共线性区段的重复序列比较分析

3.基因的组成及其共线性比较分析

4.基因保守性分析

5.分化年限推测

五、讨论

结语

参考文献

致谢

附录一 攻读学位期间及曾经发表的论文

附录二 攻读学位期间获奖情况

附录三 攻读学位期间参加会议情况

附录四 攻读学位期间参加研究课题情况