声明
摘要
第一章 文献综述
1．2 微生物群落多样性研究方法
1．3 水产养殖底泥微生物群落研究进展
1．4 水产养殖水体微生物群落研究进展
1．5 水产养殖动物肠：道微生物群落研究进展
2我国淡水养殖主要病毒病研究进展
2．1 草鱼出血病研究进展
2．2 鲤春病毒血症研究进展
2．3 锦鲤疱疹病毒病研究进展
2．4 鲫造血器官坏死症研究进展
3研究目的及意义
第二章 不同时间不同池塘中正常养殖水体细菌群落变化研究
1材料
1．1 样本
1．2 主要试剂
2方法
2．1 水质理化特性测定
2．2 样本所含细菌基因组DNA提取
2．3 细菌16S rRNA V4-V5可变区扩增和Illumina高通量测序
2．4 测序结果的生物信息学处理
2．5 统计分析
3．1 水体理化指标变化
3．2 序列丰度和α-多样性分析
3．3 养殖水体细菌群落OTU组成差异分析
3．4 养殖水体细菌群落优势菌组成分析
3．5 不同时间不同池塘健康养殖水体细菌群落优势菌含量差异分析
3．6 生物标识物分析
3．7 养殖水体细菌群落组成与水体理化性质相关性分析
4讨论
第三章 不同时间不同池塘中正常养殖池塘底泥细菌群落变化研究
1．1 样本
1．2 主要试剂
2方法
2．1 样本所含细菌基因组DNA提取
3．1 序列丰度和α-多样性分析
3．2 养殖池塘底泥细菌群落OTU组成差异分析
3．3 异育银鲫养殖池塘底泥优势菌分析
3．4 不同时间不同池塘底泥细菌群落优势菌含量差异分析
3．5 生物标识物种分析
4讨论
第四章 不同时间不同池塘中正常异育银鲫肠道细菌群落变化分析
1．1 样本
1．2 主要试剂
2方法
2．1 样本所含细菌基因组DNA提取
3．1 序列丰度和α-多样性分析
3．2 异育银鲫肠道细菌群落OTU组成差异分析
3．3 异育银鲫肠道细菌群落优势菌分析
3．4 养殖水体细菌群落优势菌组成分析
3．5 生物标志物种分析
4讨论
第五章 养殖环境细菌群落与异育银鲫肠道细菌群落差异研究
1材料
1．1 样本
1．2 主要试剂
2方法
2．1 测序结果的生物信息学处理
2．2统计分析
3结果
3．1 序列丰度和α-多样性分析
3．2 细菌群落OTU组成差异分析
3．3 细菌群落不同进化水平上组成差异分析
3．4 细菌群落不同进化水平上优势菌差异分析
3．5 细菌群落随时间变化差异分析
4讨论
第六章 Ⅱ型疱疹病毒感染对异育银鲫肠道细菌类群的影响
1材料
1．1 样本
1．2 主要试剂
2方法
2．1 样本所含细菌基因组DNA提取
3．2 细菌群落α-多样性分析
3．3 细菌群落OTU组成差异分析
3．4 肠道细菌群落优势菌含量差异分析
3．5 生物标志物种分析
4讨论
第七章 Ⅱ型疱疹病毒感染对异育银鲫肠道代谢物影响研究
1材料
1．1 样本
1．2 主要试剂
1．3 仪器设备
2方法
2．1 样本前处理
2．2 代谢组学分析
2．3 结果处理与统计分析
3结果
3．1 异育银鲫肠道代谢物分析
3．2 健康的与受Ⅱ型疱疹病毒感染发病的异育银鲫肠道代谢物差异分析
4讨论
结论
创新与不足
参考文献
致谢
作者简历
